Впрочем, при всей своей общительности Владыка не был «свойским попом», не любил фамильярностей и «дружеских» тусовок. Он редко кому открывал душу. <…> Менее чем за месяц до кончины митрополита, когда Святейший Патриарх Алексий посетил умирающего в госпитале, тот посетовал, что не может приехать в храм, и сказал Патриарху: «Я живу от праздника до праздника». Действительно, так проходила вся жизнь почившего архипастыря. Да дарует ему Господь вечное торжество, вечный Свой праздник.
Из статьи «Неприлично одаренный архиерей». «Независимая газета», 23.11.2003
В 1994 году Издательский отдел Московского Патриархата был расформирован – Архиерейский Собор счел его «исполнившим свое первоначальное предназначение». Вместо него были созданы две новые структуры. Это решение, конечно, было принято именно для того, чтобы сместить митрополита Питирима. Отчасти оно было оправданно – владыка, по сути, не принял избрания Патриарха Алексия, в «Журнале Московской Патриархии» почти не публиковались материалы о деятельности Предстоятеля и даже официальные церковные документы. Долго так продолжаться, понятно, не могло. Впрочем, уникальный коллектив был почти полностью разогнан, а самому митрополиту ничего не предложили – он остался «титулярным» викарием Московской епархии.
Признаюсь, что тогдашнее решение осуществлялось моими руками. Все 90-е годы я составлял проекты большинства крупных церковных документов – обычно под руководством митрополита Кирилла, иногда вместе с коллегами, в частности, с игуменом Иннокентием (Павловым). Мы долго вынашивали планы преобразования Издательского отдела, превратившегося в автономную структуру, жившую отдельной от остальной Церкви жизнью. В какой-то момент наши идеи совпали с мнением митрополита Кирилла, и соответствующий документ мной был быстро подготовлен. Иронию бюрократического процесса и справедливость истории я ощутил на себе в 2015 году, когда меня освободили от поста председателя Отдела Московского Патриархата по взаимоотношениям Церкви и общества тоже под предлогом реорганизации и тоже «выразив благодарность».
В отличие от вашего покорного слуги, митрополит Питирим возражать не стал – делал это только в узком кругу, который, впрочем, быстро разнес по Москве негативные оценки произошедшего. Сам владыка Питирим продолжал служить в Брюсовом переулке, иногда наведывался в Иосифо-Волоколамский монастырь, обустроил себе кабинет в фонде «За выживание и развитие человечества», который создал в годы дружбы с Раисой Горбачевой. Думаю, что переживания и оставленность ускорили его кончину. В начале 2000-х годов у него нашли онкологическое заболевание. В 2003 году владыка первый и последний раз в жизни был накануне Пасхи в Иерусалиме, откуда привез благодатный огонь, а на сам праздник возглавлял службу в Храме Христа Спасителя. В ноябре того же года он скончался, примирившись со всеми, включая Патриарха Алексия.