28 июня 1831 года епископом Вологодским Стефаном Брянчанинов был пострижен в монашество с именем Игнатий в честь священномученика Игнатия Богоносца.
5 июля был рукоположён в иеродиаконы, а 20 июля – в иеромонахи.
В конце 1831 года определён настоятелем Пельшемского Лопотова монастыря.
28 мая 1833 года возведён в сан игумена.
В ноябре 1833 года митрополит Филарет предложил игумену Игнатию настоятельство в Николо-Угрешском монастыре, но император Николай I поручил своему любимцу управление пришедшей в запустение Троице-Сергиевой пустыни под Петербургом.
1 января 1834 года в Казанском соборе игумен Игнатий был возведён в сан архимандрита. В должности настоятеля пустыни он оставался до 1857 года и за это время ему удалось привести её в порядок как в духовном, так и в хозяйственном отношении.
Ну, а теперь о гонителях… В вышеупомянутом «полном житии» святителя по этому поводу говорится буквально следующее.
«Высшее духовенство, за весьма немногими исключениями, неприязненно относилось к архимандриту Игнатию. Эта неприязнь стала выражаться в различных требованиях, которыми стеснялась его настоятельская деятельность, начавшая привлекать в монастырь множество богомольцев и обращать на себя благосклонное внимание многих влиятельных особ из петербургского общества. Вскоре от Консистории последовали один за другим три указа в вышеупомянутом характере. Они поставили настоятеля в весьма затруднительное положение. Первым указом требовалось послать из монастыря трёх иеромонахов на флот, тогда как всех их было только шесть, несмотря на то, указ был исполнен, посланы были люди благонадёжные, но в числе их был один престарелый, так как третьего молодого из недолжностных иеромонахов не было. Второй указ объявлял настоятелю выговор за посылку на флот престарелого иеромонаха. Третьим указом предписывалось архимандриту и братии пустыни не иначе ездить в город, как только испросив предварительно отпускной билет из Консистории. (стр. 119).
Почему это происходило? Сам святитель по этому поводу опять же в одном из частных писем пишет следующее:
«Ныне во многом люди дерзнули в установления Святого Духа ввести свои установления. По этой причине сделались установления небесные земными, духовные плотскими, святые греховными, мудрые нелепыми. Видят несообразность, видят текущее из нее разрушение, но не видят начала, из которого текут бедствия, потому что смотрят при свете собственного падшего разума, а не при свете Божием.