Во второй набег варвары опять пленили авву, но через шесть месяцев он бежал из плена. А в третье пленение они немилостиво мучили и истязали его. Однажды, улучив удобное время, он взял камень и убил варвара, господина своего. Бежав, авва Даниил стал тужить об убийстве, которое совершил. В этих чувствах он пошёл в Александрию, исповедал архиепископу Тимофею случившееся с ним. Архиепископ сказал:
– Лучше бы тебе положиться на Бога: избавивший тебя дважды, неужели не мог избавить и в третий раз? Впрочем, ты не совершил убийства, потому что убил не человека, а зверя.
Не удовлетворившись этим ответом, авва Даниил сел на корабль, приплыл в Рим и исповедал свой грех папе. Папа дал такой же ответ, как и архиепископ александрийский.
Даниил возвратился в Александрию и сказал сам себе: «Даниил совершил убийство, и сам да будет убит». Он пошёл в претор и предал себя гражданской власти, сказав: «Я поссорился, будучи увлечён гневом, ударил и убил моего противника камнем. Прошу предать меня суду: пусть умру за убийство, чтобы наказание во времени избавило меня от наказаний в вечности».
Авва был посажен в тюрьму, а по истечении тридцати дней правитель призвал его и стал расспрашивать. Даниил рассказал обо всём с точностью и подробно. Удивившись рассуждению аввы, правитель отпустил его:
– Иди авва и моли Бога обо мне: жалею, что ты убил одного, а не шесть.
Тогда старец сказал сам себе: «Уповаю на человеколюбие Бога моего, что простится мне совершённое мною убийство. Отселе даю обещание Христу моему служить во все дни жизни моей прокажённому. Если умрёт этот прокажённый, которого я взял, то пойду в Египет и возьму другого».
Никто из скитских не знал, что старец имеет в келии прокажённого. Но однажды старец позвал к себе ученика разделить трапезу, и по усмотрению Божию случилось так, что он забыл закрыть дверь во внутреннее отделение келии. Ученик вошёл и увидел, что у прокажённого сгнило всё тело, не было рук, рот тоже сгнил, и старец влагал пищу ему в уста, и чего прокажённый не мог съесть, старец ел сам. Ученик, увидя чудный подвиг старца, удивился и прославил Бога, даровавшего такое терпение старцу.
Когда варвары вновь напали на Скит – братия бежала из него. Но старец сказал: «Если Бог не печётся о мне, то зачем мне и жить?» И прошёл среди варваров, а они не видели его.