Между надстройками располагались площадка с антеннами и приборами, на которую вёл небольшой ремонтный лаз, связанный с шлюзом верхнего основного люка (а всего основных люков на «Плутонии» было три). В атмосфере они закрывались защитными колпаками. В космосе створки колпаков расходились в стороны и антенны и датчики разворачивались на своих фермах, кронштейнах и держателях, закрывая верх корабля ажурной «шляпой».
Как уже было сказано, на корабле имелось три основных люка: нижний располагался около трюмов и назывался десантным, потому что из него выходили на поверхность планеты по выдвижному трапу; через верхний (около навигационной рубки) переходили со специальной площадки на подлетевший или подплывший (если планета имела сплошную водную оболочку, подобно Океаниде) планетарный катер. С неё можно было выйти и в открытый космос (или гидрокосмос водной планеты), если возникала такая необходимость. Но обычно для этого пользовались ремонтным люком. Был ещё грузовой люк со шлюзовым порталом, через который на планету спускался вездеход, а в трюмы загружались грузы.
В самом низу «Плутонии» (куда ребят не пустили, и пришлось довольствоваться виртуальной схемой корабля) находилась его главная часть: планетарные и маршевый двигатели, ускорители, запасы топлива и рабочего тела, система обеспечения гравитационных скачков и главная энергетическая установка. Кроме этих устройств, на корабле имелись системы маневрирования и защиты от метеоритов – их блоки располагались снизу и сверху корабля.
Переднюю стену ходовой рубки занимал большой обзорный иллюминатор и несколько экранов, перед которыми находились пульт управления и три кресла-ложемента: для капитана, второго пилота и навигатора.
Центр рубки занимал главный монитор навигационной системы – прозрачный (в выключенном состоянии) шар, на который во время полёта компьютер проецировал навигационную сферу – специальный объёмный чертёж, представлявший собой вписанную в систему координат сферическую поверхность, на которую проецировались координаты корабля в пространстве и времени.
Сзади, между похожим на пюпитр дирижёра пультом управления стыковкой и шлюзованием, и панелями управления искусственной гравитацией и главной энергоустановкой, располагались ложементы бортинженера, бортмеханика (в обязанности которого входили управление стыковкой и запуск вспомогательных спутников, а также управление погрузкой-выгрузкой грузов) и штурмана, а также выход в пассажирский отсек, расположенный рядом с навигаторской рубкой.