В 1944 году, вследствие полученных тяжелых ранений, С.С. Шульман стал инвалидом войны и был демобилизован из армии. Врачи запретили ему работать, и в особенности заниматься научной работой. В госпиталь города Рыбинска, где Соломон Самуилович находился на лечении, пришло письмо от В.А. Догеля с приглашением поступить к нему в аспирантуру. Однако тогда в аспирантуру С.С. Шульман не попал. Не попал он и на родную кафедру, но до конца своих дней, где бы он ни работал, он неизменно поддерживал с ней связь.
В послевоенные годы в разные периоды своей жизни С.С. Шульман работал в Институте рыбного хозяйства (1945–1950 гг., Ленинград), Биологическом институте Карельского филиала АН СССР (1950–1958 гг., Петрозаводск), Зоологическом институте АН СССР (1958–1986 гг., Ленинград), Институте экологии Волжского бассейна РАН (1986–1997 гг., Тольятти).
Деятельность С.С. Шульмана имела не только научный интерес, но и большое народно-хозяйственное значение. Он выезжал в те регионы, откуда приходили телеграммы о массовой гибели рыб. Приезжавшие к нему за консультацией специалисты, аспиранты, докторанты получали не только научную консультацию, но и зачастую большую, чисто человеческую поддержку. Многие специалисты, не будучи его прямыми учениками, начинали считать себя таковыми; большинство из них потом становились близкими друзьями всей семьи.
С 1945 года и до конца жизни С.С. Шульман принимал участие во многих экспедициях в разные концы страны – от Карелии до Камчатки, от Белого до Японского моря. Были и зарубежные поездки: советско-китайская экспедиция по исследованию бассейна реки Ляо-Хе (1958), участие во II Международном конгрессе протозоологов в Лондоне (1965).
С.С. Шульман – признанный мировой авторитет в области экологической паразитологии, зоогеографии паразитов рыб; он был крупнейшим специалистом по миксоспоридиям. Его монография «Миксоспоридии фауны СССР», изданная в 1966 году, в 1988-м была переведена на английский язык и издана в США. Им также впервые были опубликованы крупные разделы по паразитическим простейшим рыб в «Определителе паразитов пресноводных рыб фауны СССР», разные тома которого были изданы в 1964 и в 1984–1987 годах. Первое издание было переведено в 1966 году на английский язык и опубликовано в Израиле.
В своих трудах С.С. Шульман развил основные положения экологической паразитологии, впервые сформулированные В.А. Догелем. С.С. Шульманом была предложена гипотеза о многоклеточной природе миксоспоридий; он внес существенный вклад в понимание происхождения многоклеточных животных.