В первые дни войны, когда здание полпредства в Берлине было оцеплено гестаповцами, А. Коротков, рискуя жизнью, сумел несколько раз выехать в город для встреч с агентами, постановки перед ними новых задач и передачи им радиостанций, чтобы обеспечить бесперебойную связь с Центром. Вскоре в числе интернированных сотрудников полпредства СССР в Германии он вернулся в Москву.
С августа 1941 года он – заместитель начальника, а с октября того же года – начальник 1-го отдела (разведка в Германии и на оккупированных ею территориях) НКВД СССР.
В 1943–1944 годах выезжал в Иран и дважды в Афганистан для выполнения специальных заданий по ликвидации германской агентуры в этих странах, действуя под фамилией полковника Михайлова.
С октября 1945-го по январь 1946 года – резидент объединенной резидентуры внешней разведки в Германии под прикрытием должности заместителя политического советника при главноначальствующем Советской военной администрации.
В мае 1946 года А. Коротков стал начальником управления 1Б (нелегальная разведка) и заместителем начальника Первого главного управления МГБ СССР. С мая 1947 года он – начальник 4-го управления (нелегальная разведка) Комитета информации при Совете Министров СССР, а с мая 1949 года одновременно член этого комитета. С сентября 1951 года – заместитель начальника Бюро № 1 МГБ СССР по разведке и диверсиям за границей, а в ноябре 1952 года становится заместителем начальника ПГУ МГБ СССР и начальником управления «С» (нелегальная разведка). С марта 1953 года – заместитель начальника, а с 28 мая того же года – и. о. начальника Второго главного управления (внешняя разведка) МВД СССР. С 17 июля 1953 года – начальник отдела нелегальной разведки ВГУ. В марте 1954 года А. Коротков становится и. о. начальника управления нелегальной разведки и врио заместителя начальника ПГУ, а с сентября 1955 года – начальником этого управления и заместителем начальника ПГУ.
В ноябре 1956 года был направлен в Венгрию в качестве заместителя начальника опергруппы КГБ И. Серова. Участвовал в специальных мероприятиях по подавлению восстания в этой стране, задержанию активных повстанцев и изъятию оружия у населения, а также в захвате и выводе в Румынию бывшего премьер-министра Венгрии Имре Надя.
С 23 марта 1957 года – уполномоченный КГБ по координации и связи с МГБ и МВД ГДР.