Вполне очевидно, проблемы свежесформированных соединений проявились 15 сентября, когда прикрывавшая чонгарское направление 276-я стрелковая дивизия генерал-майора И.С. Савинова была неожиданно атакована немцами в районе Сальково, Ново-Алексеевки и Геническа. Произошло это ввиду пренебрежения боевым охранением, вследствие чего копавшие окопы подразделения фактически оказались застигнуты врасплох. Немцы (по немецким данным, Сальково атаковали подразделения бригады СС «Лейбштандарт Адольф Гитлер»[30]) внезапно атаковали станцию Сальково, захватив эшелон с тракторами и автомашинами, предназначавшимися для 51-й армии. Станция в итоге была отбита контратакой 16 сентября, но удерживать ее уже не стали. От дивизии оказался отрезан батальон 876-го сп с батареей 852-го ап, оборонявшиеся в районе станции Ново-Алексеевка, Ново-Гродок. В сентябре, по горячим следам событий, они считались уничтоженными. Позднее выяснилось, что этот отряд потерял около 50 человек убитыми и ранеными, отошел на северо-восток, где вошел в состав 218-й сд 9-й армии[31].
В последующие несколько дней немецкому командованию удалось скрытно сосредоточить силы для удара по позициям на Перекопе, и начавшееся утром 24 сентября наступление стало в какой-то мере неожиданностью. Вечерняя разведсводка штаба 51-й армии от 23 сентября гласила: «Противник, продолжая прикрываться на крымском направлении, проявляет главные усилия на мелитопольском направлении». Однако в действительности против Крыма уже был сосредоточен LIV армейский корпус немецкой 11-й армии, которую на тот момент возглавлял Э. фон Манштейн. Самостоятельных механизированных соединений у Манштейна не было, но заботы Ф.И. Кузнецова о противотанковом оборудовании Перекопского перешейка были не напрасными: в состав LIV AK включался 190-й батальон штурмовых орудий[32].
По первоначальному плану немецкого командования предполагался прорыв LIV АК через Перекоп на Симферополь с последующим вводом в Крым XXXXIX горного корпуса в направлении на Керчь[33]. Однако, как пишет Манштейн в мемуарах, подготовка к атаке на Перекоп затянулась из-за трудностей с подвозом. Тем не менее вышедшие на подступы к перешейку части получили возможность изучить советскую оборону, по крайней мере, визуально.
Немецкие войска обладали необходимым численным перевесом в живой силе (один стрелковый батальон первой линии 156-й сд подвергся атаке пяти-семи немецких пехотных батальонов) и сильной артиллерийской группировкой. В ее составе были и тяжелые 305-мм мортиры для разрушения укреплений, и дальнобойные 150-мм пушки для борьбы с артиллерией, в том числе батареями морских пушек. Поддержать войска на Перекопе огнем артиллерии крупных боевых кораблей Черноморского флота не представлялось возможным ввиду мелководья.