Вероятно, в числе «всех мер» оказалось и требование к Лукреции поскорей закончить исповедь и как можно больше внимания в ней уделить разоблачению брата. Но Лукреция уже поняла задумку Ватикана, к тому же Чезаре был на свободе. Прекратить писать означало навлечь неприятности на собственную семью и Феррару, а потому хитрая женщина откровения продолжила, но больше внимания уделила грехам Ватикана, чем собственным и своего брата.
Реакция папы неизвестна, но в 1507 году Чезаре, будучи в очередной раз преданным, погиб в бою. Это развязало папе Юлию II руки, в исповеди Лукреции больше не было необходимости, однако теперь эти откровения представляли опасность. Потому все написанное затребовано в Ватикан и спрятано подальше.
Едва ли папа Юлий II мог сознательно оставить такой документ в архиве, но приказы выполняют (или не выполняют) секретари, пряча полезные бумаги подальше от глаз своих хозяев. Вероятно, так осталась не уничтоженной рукопись Лукреции Борджиа, чтобы через столетия оказаться прочитанной совсем другими людьми. Есть версия, что «Покаяние» сохранено благодаря стараниям Николо Макиавелли, служившего Чезаре Борджиа и написавшего своего «Государя» именно с него.
Вероятно, сам того не ведая, к сохранению писем оказался причастен… Наполеон Бонапарт.
В 1808 году, когда армия Наполеона заняла Северную Италию и он был близок к захвату большей части Европы, император (и король Италии, каким он сам себя назвал в 1804 году) потребовал от папы Пия VIII передачи ему всех папских владений. В ответ папа Пий отлучил самозваного короля Италии от Церкви, тогда Наполеон приказал арестовать папу. Следом во Францию отправили и секретный архив Ватикана.
После Ватерлоо и второго отречения Наполеона в 1815 году папа Пий был освобожден из-под ареста, но вернуть весь архив в Ватикан не удалось, это требовало слишком больших средств. Чтобы не везти все, часть бумаг была уничтожена, а часть продана за гроши, например, лавочникам или парижанам для растопки. Какие бумаги и какой ценности не вернулись в Ватикан, не знает никто. Некоторые материалы до сих пор всплывают в частных коллекциях, обычно это переписка известных лиц с папами или теми, кто близко стоял к престолу Святого Петра. Если удается, Ватикан выкупает появившиеся в продаже ценные бумаги, иногда документы той или иной эпохи снова скрываются в секретном архиве, иногда бывают опубликованы.