На протяжении 1990-х годов типологические подходы к отклоняющемуся развитию начинают приобретать все более системный многоуровневый характер, не выходя в то же время за пределы феноменологического эклектического подхода.
Третий период развития типологического анализа отклоняющегося развития, который продолжается и в настоящее время, характеризуется системным анализом с позиции поиска единых психологических оснований и механизмов, лежащих в основе вариантов отклоняющегося развития. По времени возникновения его можно отнести к концу ХХ – началу XXI века. По характеру типологического анализа его можно, опять же условно, определить как системно-каузальный. Именно в это время поиск классификационных оснований «уходит вглубь», подключая уже анализ механизмов мозговой организации психических процессов в рамках детской нейропсихологии (Семенович, Архипов, 1997; Семенович, 2001). Именно тогда были сделаны первые шаги по построению типологии отклоняющегося развития с использованием многоуровневого системного анализа (Семаго Н.Я., Семаго М.М., 1999; Шепко, 2000). Основным для этого периода является переход от системного, но по большей части феноменологического анализа типологических оснований и категоризации отклоняющегося развития – к «каузально-системному» анализу базовых структур, лежащих в основе психического развития в целом, анализу вариантов отклоняющегося развития с позиции динамически организованной многоуровневой системы.
Одновременно возникают и развиваются классификационные подходы с использованием многоосевых типологических конструкций. Наблюдается тенденция к углублению анализа и построению классификаций с использованием педагогических и социальных оснований, «осей анализа» (Костромина, 2007; Шилова, 2000; Кузнецова, 2004), появляются попытки системного анализа, связывающего мозговую организацию психических процессов, непосредственно психологические основания развития и социально-образовательную адаптацию ребенка (Усанова, 2006).
Возникают и новые типологические подходы в рамках кластеризации недостаточности-избыточности функционирования уровней мозговой организации функциональных психических систем (О.В. Кагарлицкий, неопубл.).
Помимо этого, в психологии развития возникает интерес к типологизации и нормативного развития, например, в методологическом подходе Г.В. Бурменской