Прочие научные дисциплины, так же как и биология, не могут обойтись без классификаций. Как отметил Томас Кун, наука начинается с классификации, которая проводится раньше, чем вырабатывается научный метод, или создаётся научная концепция, объясняющая природу исследуемых объектов.
Научные и иные классификационные схемы – это интеллектуальные модели реально существующих иерархий подобия. Иерархии подобия – это системные иерархии, сущностные иерархии.
Обратим внимание на понятийное различие между системными иерархиями (они же сущностные, модельные или субстанциальные иерархии) и структурными иерархиями (модульными структурами).
Структурная иерархия представляет собой иерархическую структуру элементов структуры. Каждый элемент или компонент входит в эту структуру. Такую иерархию можно назвать также иерархией соответствия, потому что каждый элемент структуры должен соответствовать этой структуре.
Например, в электропатрон, можно вкрутить электролампочку, рассчитанную на соответствующее рабочее напряжение и с соответствующим профилем и размером резьбы. Точно так же, любой винт можно соединить с гайкой соответствующего профиля и размера резьбы. Любое механическое устройство можно собрать из соответствующих узлов и деталей. В двигатель автомобиля можно залить масло соответствующей марки. Исходный код компьютерной программы должен состоять из соответствующих подпрограмм. Подзаконные акты должны соответствовать основным законам и Конституции страны. Сотрудник должен соответствовать занимаемому месту. А лечение определённой болезни проводится медиками с применением соответствующих методик и лекарств.
В системных иерархиях нет соответствия элементов, потому что как таковых нет и самих элементов (нет структурных элементов, а есть элементы схемы). Системы или объекты в системной иерархии не входят в какую-либо объединяющую их помимо наблюдателя структуру, хотя подобие существует и помимо любого наблюдателя, что может быть подтверждено другим наблюдателем. Структурой при наблюдении иерархии подобия является интеллектуальная модель (схема) такой иерархии. Сами же объекты и системы, включённые в такую иерархическую схему, обладают подобием и различиями. Связующим звеном, объединяющим их можно считать исследователя, мыслящий интеллект. Элементы схемы должны соответствовать схеме, а не системной иерархии.