Между тем, с 1943 года в органы госбезопасности стала поступать оперативная информация о том, что М. Б. Салихов перешел на службу к фашистам – с апреля 1942 года работал старшим преподавателем Варшавской разведшколы, с ноября 1943 года преподавал в филиале разведшколы на станции Нойкурен, а затем в школе резидентов – радистов в Нидерзее (Восточная Пруссия).
О том, что Салихов проводил в военное время антисоветскую деятельность, после войны свидетельствовали некоторые находившиеся с ним в плену командиры. В двухтомнике «Генерал Власов. История предательства» опубликована выписка из протокола допроса бывшего начальника артиллерии 266-й стрелковой дивизии А. Н. Севастьянова от 21 марта 1946 года. Он показал, что во время нахождения у немцев близкие отношения с Салиховым и некоторыми другими генералами «еще более усилили мои антисоветские настроения»49.
В ряде публикаций утверждается, что в 1944 году, когда возникла идея объединить сформированные немцами татарские батальоны под руководством авторитетного генерала, на эту должность предполагался М. Б. Салихов. Ему предложили возглавить политическое руководство комитета «Идель-Урал», но он отказался.
Новое дело в отношении М. Б. Салихова было возбуждено 5 мая 1943 года. В постановлении следователь Главного управления контрразведки «Смерш» указал, что Салихов добровольно поступил на службу к фашистам и с мая 1942 года преподавал в Варшавской разведшколе под псевдонимом Османов50.
21 июня 1943 года Военная коллегия заочно приговорила М. Б. Салихова к расстрелу за измену родине.
В мае 1945 года Салихов был задержан в Чехословакии, при попытке перейти в американскую зону оккупации. Его этапировали в Москву, где объявили приговор Военной коллегии и повесили 1 августа 1946 года51.
Между тем, розыск М. Б. Салихова органы госбезопасности прекратили только в январе 1955 года. На этом основании можно предположить – у них не было полной уверенности, что именно Салихов был задержан в мае 45-го и понес заслуженное наказание. Эти сведения согласуются с версией, выдвинутой историком К. М. Александровым. Он утверждает, что М. Б. Салихов в СССР не репатриировался и еще в 1953 г. проживал в эмиграции под именем Мирходжа Бикмуловича Ерели, оставив мемуары о событиях 41-го года, которые хранятся в Гуверовском архиве Стэнфордского университета»