Большое внимание Михаил Сергеевич Кедров уделял укреплению кадрового состава особых отделов. Не заслуживающие доверия лица отсеивались.
27 марта 1919 года на заседании СНК М. С. Кедров был утвержден членом комиссии Народного комиссариата внутренних дел. Таким образом, на Кедрова была возложена вся полнота ответственности за положение дел в особых отделах.
Михаил Сергеевич был обаятельным человеком. Простой и скромный, он все время ходил в гимнастерке и сапогах. Никогда не кичился своими заслугами. Так говорили о нем те, кто работал с ним в двадцатые годы. За честность, прямоту и удивительное трудолюбие Кедрова очень уважал и любил Дзержинский. Не имея собственной жилой площади в Москве, Михаил Сергеевич скитался по городским гостиницам. И когда он обратился к Дзержинскому за помощью, Феликс Эдмундович написал записку: «Дать тов. Кедрову квартиру. Она ему нужна не столько для проживания, сколько для работы».
М. С. Кедров с первых шагов деятельности особых отделов отводит подобающее место правовым вопросам. Он стремится к максимально возможному в условиях Гражданской войны использованию права для борьбы с контрреволюционным подпольем и шпионажем. Ему всегда было чуждо сухое, бездушное, формальное отношение к делу, каким бы оно ни являлось. Везде он искал новых путей, новых интересных форм работы, отдавая ей свой блестящий организаторский талант, ум и горение. Работу чекиста, беспощадного к врагам, Михаил Сергеевич удивительно умел сочетать с решением высокогуманных задач борьбы за жизнь и счастье людей, ради чего он не щадил самого себя. За борьбу с контрреволюцией Кедрову было присвоено звание Почетного чекиста и выдан ценный подарок – рояль лучшей марки, на котором он играл многие годы. Деятельность Кедрова за годы Гражданской войны была высоко оценена советской властью. В декабре 1927 года он награжден орденом Красного Знамени.
Кедров сумел, преодолевая противоречивые мнения военных авторитетов, выбрать и предложить Ф. Э. Дзержинскому, коллегии ВЧК единственно правильное решение в организации военной контрразведки Красной армии. Немногим более полугода возглавлял он советскую военную контрразведку, но за это короткое время она превратилась в четко функционирующий боевой орган. В успешном выполнении задач ограждения Красной армии и флота от происков контрреволюции и иностранных шпионов в годы Гражданской войны, которое обеспечивали особые отделы, есть несомненная заслуга их первого руководителя.