Постановлением Высшего Государственного Совета Союзного государства от 26 декабря 2001 г. №9 была утверждена «Программа обустройства внешней границы Союзного государства на период 2002—2005 годы», общий бюджет которой составил около 2,5 млрд. российских рублей. Из этой суммы на обустройство участков границы с Литувой и Латвией было израсходовано около 1,2 млрд. российских рублей. По Государственной инвестиционной программе Беларуси в 2002—2006 гг. было освоено 17,27 млрд. бел. руб. бюджетных средств, а всего – 80,6 млрд. бел. руб. из бюджетов Беларуси и России на которые было введено в эксплуатацию 33 объекта.
В 2007 г. по Государственной инвестиционной программе были освоены капитальные вложения в размере 8,47 млрд. бел. руб.
Всего же за 1996—2007 гг. доля вклада России в обустройство Государственной границы Беларуси с Латвией и Литувой составила более 20 млн. долл. США, за которые были возведены более 50 объектов пограничной инфраструктуры.
В ходе реализации третьей программы обустройства северного (прибалтийского) участка Государственной границы Республики Беларусь в 2007—2011 гг. из бюджета Союзного государства было выделено более 2,8 млрд. российских рублей, что позволило полностью завершить обустройство этого участка.
К началу 2017 г. была завершена реализация четвертой программы, названной «Укрепление пограничной безопасности Союзного государства на период 2012—2016 годов», которая была принята в декабре 2012 г. По этой программе в 2013 г. Беларуси было выделено 284 млн. российских рублей, а всего к началу 2014 г. из бюджета Союзного государства Беларуси выделен 1 млрд. российских рублей, на которые возводятся пограничные объекты, закупается новые оборудование и техника, осуществляется строительство на границе с Литувой, в районе создаваемой БелАЭС, пограничного поста, двух пограничных застав, а также реконструкция пограничного перехода «Каменный Лог».
Всего же с 1996 г. за средства Союзного бюджета было возведено около 500 различных пограничных объектов, а расходы России на обустройство Государственной границы Беларуси с Литувой и Латвией только за 1996—2011 гг. составили около 4,5 млрд. российских рублей или примерно 150 млн. долл. США, т.е. около 180 тыс. долл. США на 1 км, что более чем в 10 раз превышает расходы на демаркацию этих участков.