Последователи шейха Бедреддина того времени настолько опасались враждебной реакции со стороны турецких властей, что хотя его останки были эксгумированы и привезены из Греции во время обмена греко-турецкого населения в 1924 году, они не находили своей окончательной могилы до 1961 года, когда были похоронены на кладбище, расположенном вокруг мавзолея султана Махмуда II, около Крытого базара в Стамбуле.
Когда принц Муса и его союзник Джунейд были надежно заперты в византийской тюрьме, а шейх Бедреддин мертв, султан Мехмед вернулся в Малую Азию, чтобы вновь попытаться завладеть государством Караманидов. Но Караман признал вассальную зависимость от могущественных Мамлюков, и у Мехмеда не было иного выбора, кроме как отступить. Тем не менее он сумел присоединить владения Исфендиярогуллары на севере центральной Малой Азии, через которые пролегал путь шейха Бедреддина в Валахию, и заставить Мирчу Валашского платить ему дань. Как это полагалось для вассалов, Мирча отправил трех своих сыновей ко двору Мехмеда в качестве заложников его надлежащего поведения. Одним из этих мальчиков был Влад Дракула, впоследствии получивший прозвище «Колосажатель», печально известный в народных преданиях о Трансильвании как вампир.
Ко времени своей смерти в 1421 году султан Мехмед восстановил османский контроль еще не над всеми территориями, которыми владел его отец Баязид в Малой Азии и Румелии. В последние годы жизни его преследовали болезни, и у него было достаточно возможностей обдумать проблемы преемственности, главной его целью было избежать той борьбы, что сопутствовала его собственным претензиям на власть. Визири скрывали его смерть, пока его сына Мурада, которому не исполнилось еще двадцати лет, не провозгласили султаном в Бурсе.
Историк Дука сообщал, что Мехмед решил отправить двух своих младших сыновей, Юсуфа и Махмуда, в Константинополь в качестве заложников императора Мануила II. Таким образом он надеялся гарантировать продолжавшееся тюремное заключение своего брата, «Лже»-Мустафы, и устранить опасность того, что кто-то из них троих вступит в борьбу за его престол. Так или иначе, Юсуф и Махмуд не были переданы Мануилу, а смерть Мехмеда ускорила освобождение «Лже»-Мустафы и Джунейда. Дука полагал, что именно визирь Мехмеда Баязид-паша был виноват в том, что мальчики не были переданы Мануилу, настаивая: «Недостойно и несовместимо с волей Пророка, что дети мусульман будут воспитываться неверными». При содействии Мануила Мустафа и Джунейд высадились в Гелиболу в Румелии, где их поддерживали наиболее видные пограничные вожди этих земель, среди которых были Эвреносогуллары и Тураханогуллары. Но прежде чем они смогли добраться до Эдирне, их встретила армия под командованием Баязид-паши. «Лже»-Мустафа убедил воинов Баязид-паши дезертировать, показав шрамы, полученные, по его утверждению, в битве при Анкаре 20 лет назад. Баязид-паша был казнен, и Мустафа занял Эдирне и сделал город своей столицей и чеканил там монету в качестве объявления своего султаната, как это делали до него его братья Сулейман, Муса и Мехмед. Готовность жителей Румелии перейти на сторону принца Мустафы, а не признавать вассальную зависимость сыну султана Мехмеда и законному наследнику Мураду II была признаком постоянной тревоги, с которой воины пограничных земель относились к усилиям османов установить единое и централизованное управление на территориях, которые они завоевали, будучи союзниками османов. Мустафа проявил себя как их соратник, выступив против своего брата султана Мехмеда шестью годами ранее, многие также симпатизировали восстанию шейха Бедреддина.