С другой проблемой было не так легко справиться, и она продолжала досаждать и Баязиду и его сыну и наследнику Селиму I: хотя для западных государств победоносные османы казались постоянной угрозой, сами османы были озабочены опасностью с востока в лице иранского государства Сефевидов и той привлекательностью, которую оно сулило тюрко-огузским народам восточной Малой Азии.
В момент смерти султана Мехмеда Джем управлял османской провинцией Караман из своей резиденции в Конье, а Баязид был в Амасье, административном центре пограничной провинции Рум, которой он правил в молодости, хотя и номинально, с 1454 года. В правление отца он служил военачальником на восточной границе Малой Азии и отличился в походах против Узун Хасана и Аккоюнлу. Его двор в Амасье служил убежищем для тех, кто противостоял его отцу, особенно в последние годы жизни Мехмеда, когда великий визирь Караманлы Мехмед-паша занимался усилением власти центрального правительства над провинциями. В то время как Мехмед сам изучал античное и византийское наследие, преемником которого себя считал, Баязид прибегал к помощи преподавателей исламских наук и философии, поэтов и мистиков, людей, чьи интеллектуальные корни были на Востоке.
Исламская традиция требовала хоронить как можно скорее, но тело Мехмеда II оставалось непогребенным, после того как его тайно перевезли в Стамбул на следующий вечер после смерти, а на третий день возле него зажгли благовонные свечи, чтобы приглушить запах. Караманлы Мехмед-паша попытался осуществить то, что, по его мнению, было последним желанием султана, наследование трона принцем Джемом, а не принцем Баязидом, послав обоим братьям уведомления о смерти Мехмеда: Конья была ближе к столице, чем Амасья, и он надеялся, что Джем прибудет, чтобы потребовать трон, раньше. Но янычары поддерживали Баязида, и уловка Караманлы Мехмеда привела их в ярость. Несмотря на секретность, новость о смерти Мехмеда распространилась, и когда Караманлы Мехмед попытался помешать янычарам вернуться в Стамбул, что им было делать запрещено, они убили его. Его убийство отчетливо показало, что корпус янычар, созданный османскими султанами, чтобы быть им верной охраной и элитными войсками, был чудовищем, которое ставило свои собственные интересы выше интересов своих господ.