.
Вскоре Исидор неспешно двинулся домой, на Русь, повсюду призывая православных причащаться вместе с католиками.
Митрополит Исидор прибыл в Москву в Великий пост 1441 г. Перед ним как перед папским легатом и кардиналом несли латинский крест – «крыж ляхкий». Митрополит стал совершать богослужение в Успенском соборе Кремля. За ектениями он велел на первом месте поминать имя папы Евгения, а не патриарха Константинопольского. По окончании службы Исидор велел зачитать с амвона главного храма России акт об унии Константинопольского патриархата с Римом. Затем митрополит передал великому князю послание от папы Евгения с призывом помогать Исидору в деле утверждения унии. Папе, а не патриарху, как раньше, пропели многолетие.
Через четыре дня после прибытия в Москву Исидор по приказу Василия II был схвачен и заключен в Чудов монастырь в Кремле. Василий II назвал его «латинским ересным прелестником» и «волком в овечьей шкуре».
В Москве давно знали о ходе Флорентийского собора. Спутник Исидора суздальский епископ Авраам прибыл в Москву еще 19 сентября 1440 г. Так что времени для принятия решения у Василия II и у его иерархов было более чем достаточно.
Современные церковные историки стремятся сделать Василия II спасителем православия: «Исидору дают возможность максимально изобличить себя как отступника от Православия, и лишь затем инициативу берет на себя великий князь. Это, вероятно, тоже не случайно. После Флорентийского собора в мире нет уже ни православного Вселенского Патриарха, ни православного императора, есть лишь одна верная Православию Поместная Церковь – Русская. И отныне она тождественна Вселенской Церкви. Прежде занимавший заурядное место в имперской теократической системе великий князь Московский и всея Руси теперь осознал себя как подлинный преемник православного царского достоинства, настоящий епископ внешних дел Церкви, каким мыслили себя, начиная с Константина Великого, все Императоры Ромеев. Даже само царственное имя Василия, наверное, было им осмыслено в это время как призвание быть возглавителем того православного остатка, с которым после унии еще можно было связывать понятие eправославный мир».
Дело кончилось заключением под стражу митрополита Исидора. В конце концов ему пришлось убираться из Руси подобру-поздорову. Исидор отправился в Рим, где папа утешил его кардинальской шапкой.