Именно френологи первыми заговорили о локализации функций мозга – то есть о том, что определенные умственные способности соответствуют определенным участкам мозга. Сегодня это основное положение нейропсихологии, в то время как строгая классификация этих соответствий, предложенная френологией, давно вышла из употребления. Представление о том, что внешняя поверхность черепа соотносится с формой мозга внутри черепной коробки и что это, в свою очередь, каким-либо образом связано с умственными способностями, сегодня вызывает общий смех. Однако, палеоантропологи, изучающие доисторического человека, на основании измерения выпуклостей на внутренней поверхности черепов доисторических людей отмечают увеличение участков мозга, предположительно отвечающих за речь, и таким образом делают выводы о развитии речевых способностей человека. У френологической концепции способностей также имеется множество соответствий в психологии, от предложенного Хомским «механизма усвоения языка» (см. тут) до классификаций характера в психологии личности (см. тут). В целом к заслугам френологии, равно как и месмеризма (см. тут), сегодня относят развитие новых представлений и методов изучения психики, по крайней мере частично основанных на фактах и отвечающих принципам науки, что позволяет считать френологию своего рода повивальной бабкой психологии.