И самое важное в духовном прозрении Тихомирова он постиг, что для русского интеллигента-радикала революция есть предмет веры, поскольку Православная вера потеряна. Сам Тихомиров после длительного перерыва переступил порог храма летом 1888 г., посетив посольскую церковь в Париже. Это был первый шаг к покаянию, трудный шаг. «Я давно туда тянулся… Но я боялся и стыдился. Я – отверженец, я – враг своего народа, – как я пойду сюда… Когда раздалось пение молитвы, мне стало страшно, – я думал, что у меня разорвется сердце. Скажу прямо: с детства я не плакал и не умею плакать, и презираю его. и не верю плачу… Но у меня тут спазмы охватили горло, – мне хотелось упасть и рыдать от горя и счастья, от стыда за свое блужданье, от восторга видеть себя в Церкви…».
Про Тихомирова нельзя сказать: переменил свои взгляды. Ничего он не менял. Своих взглядов, своих собственных, у него до того почти и не было. Было стремление к истине, желание найти правду, справедливость. «Я не отказался от своих идеалов общественной справедливости. Они стали только стройней и ясней». «Я уверовал правдою… Это старинная правда не моя, не такая, которую я бы выдумал, а правда православная в духовном отношении и правда органического развития в политическом».
Он считал, что основы ухода в революцию были заложены в школе, а отход от бунтарства был предопределен родительским воспитанием. «Эти годы воспитания сумели все-таки подарить мне некоторую индивидуальность. которую потом не смог вполне стереть даже поток передовых идей, затопивший наше поколение… Вполне сложившиеся идеи общественного порядка и твердой государственной власти издавна отличали меня в революционной среде; никогда я не забывал русских национальных интересов и всегда бы сложил голову за единство и целость России».
Вслед за выходом а свет брошюры «Почему я перестал быть революционером» и вызванной этим травлей со стороны революционеров-эмигрантов; Тихомиров в сентябре 1888 г. подает прошение о помиловании на Высочайшее Имя. В декабре он получил прощение и разрешение Императора Александра III вернуться на родину (более 30 ссыльных и 10 эмигрантов, последовавших его примеру, также были прощены). В начале 1889 г. Тихомиров приехал в Россию и первое, что сделал по приезде, – явился ко гробу Императора Александра II помолиться об отпущении своих грехов.