Новый повод к нарастанию взаимного недоверия подал атаман Н. А. Григорьев, поднявший 6 мая мятеж на правобережной Украине. 12 мая под председательством Махно собрался «военный съезд», то есть совещание командного состава, представителей частей и политического руководства махновского движения. Махно и съезд осудили выступление Н. А. Григорьева, но также высказали критику в отношении большевиков, которые своей политикой спровоцировали восстание. «Военный съезд» провозгласил переформирование 3-й бригады в 1-ю повстанческую дивизию под командованием Махно.
Поводом к новому обострению отношений с коммунистами стало развертывание 3-й бригады в дивизию. Парадоксальная ситуация, когда бригада составляла большую часть армии, мешала и соответствующему снабжению, и взаимодействию командования с огромной бригадой, и управлению ее частями. Советское командование сначала согласилось на переформирование, а затем отказалось создавать дивизию под командованием строптивого оппозиционного командира. 22 мая прибывший на Украину Троцкий назвал такие планы «подготовкой новой григорьевщины». 25 мая на заседании Совета рабоче-крестьянской обороны Украины под председательством Х. Раковского обсуждался вопрос «Махновщина и ее ликвидация». Было решено «ликвидировать Махно» силами полка.
…русский анархизм, давший всемирно известных теоретиков Кропоткина и Бакунина, в практической деятельности партии на всем протяжении Русской Смуты представляет один сплошной трагический фарс. И было бы, конечно, непредусмотрительным не присвоить себе единственного серьезного движения и не канонизировать в свои вожди Махно – столь яркую фигуру безвременья, хотя и с разбойничьим обличьем…
А. И. Деникин. Очерки русской смуты. Париж, 1921.
Узнав о намерениях командования, Махно 28 мая 1919 г. заявил, что готов сложить с себя полномочия, так как «никогда не стремился к высоким званиям» и «больше сделает в будущем в низах народа для революции». Но 29 мая 1919 г. штаб махновской дивизии постановил: «1) настоятельно предложить т. Махно остаться при своих обязанностях и полномочиях, которые т. Махно пытался было сложить с себя; 2) все силы махновцев преобразовать в самостоятельную повстанческую армию, поручив руководство этой армией т. Махно. Армия является в оперативном отношении подчиненной Южному фронту, поскольку оперативные приказы последнего будут исходить из живых потребностей революционного фронта». В ответ на этот шаг РВС Южного фронта 29 мая 1919 г. принял решение об аресте Махно и придании его суду ревтрибунала. Махно не принял титул командарма и продолжал считать себя комдивом.