Об этом было объявлено, когда сам Южный фронт начал разваливаться под ударами Деникина. Штаб махновцев призывал к восстановлению единства: «Необходима сплоченность, единение. Только при общем усилии и сознании, при общем понимании нашей борьбы и наших общих интересов, за которые мы боремся, мы спасем революцию… Бросьте, товарищи, всякие партийные разногласия, они вас погубят».
31 мая ВРС объявил о созыве IV съезда советов района. Центр расценил решение о созыве нового несанкционированного съезда как подготовку антисоветского восстания. 3 июня командующий Южным фронтом В. Гиттис отдал приказ о начале ликвидации махновщины и об аресте Махно.
6 июня Махно направил телеграмму В. И. Ленину, Л. Д. Троцкому, Л. Б. Каменеву и К. Е. Ворошилову, в которой предложил «прислать хорошего военного руководителя, который, ознакомившись при мне на месте с делом, мог бы принять от меня командование дивизией».
9 июня Махно отправил телеграмму В. И. Ленину, Л. Д. Каменеву, Г. Е. Зиновьеву, Л. Д. Троцкому, К. Е. Ворошилову, в которой подвел итог своим взаимоотношениям с коммунистическим режимом: «Отмеченное мною враждебное, а последнее время наступательное поведение центральной власти к повстанчеству ведет с роковой неизбежностью к созданию особого внутреннего фронта, по обе стороны которого будет трудовая масса, верящая в революцию. Я считаю это величайшим, никогда не прощаемым преступлением перед трудовым народом и считаю обязанным себя сделать все возможное для предотвращения этого преступления… Наиболее верным средством предотвращения надвигающегося со стороны власти преступления считаю уход мой с занимаемого поста».
Тем временем белые вторглись в район Гуляйполя. Некоторое время с небольшим отрядом Махно еще сражался бок о бок с красными частями, но 15 июня с небольшим отрядом покинул фронт. Его части продолжали сражаться в рядах РККА. В ночь на 16 июня семь членов махновского штаба были расстреляны по приговору ревтрибунула Донбасса. Начальник штаба Озеров продолжал сражаться с белыми, но 2 августа по приговору ВУЧК был расстрелян. Махно выдал денежные средства группам анархистов, выезжавшим для подготовки терактов против белых (М. Г. Никифорова и др.) и большевиков (К. Ковалевич и др.). 21 июня 1919 г. отряд Махно переправился на правобережье Днепра.