Бомелий был сведущ и в астрологии. Один историк писал об этом так: «Почти каждую ночь, чтобы наблюдать небесные светила, он поднимался на колокольню кремлевской церкви Иоанна Лествичника (позже перестроенную и ставшую известной как «Иван Великий»). Царь Иван, прочитавший немало астрологических трактатов, нередко составлял компанию Бомелию во время этих наблюдений и тут же решал судьбу несчастных, чьи звезды складывались в опасную для Ивана комбинацию. Мирные московские жители, едва заметив на площадке колокольни темные силуэты, в панике шептались: «Опять Елисейка с царем колдуют!» – и запирались на все замки в надежде, что минует их злая чаша царской немилости».
Но скоро закатилась и счастливая звезда «Елисейки»: царь заподозрил его в измене. Перед этим Бомелий сделал предсказание, вызвавшее сильное раздражение царя Ивана. Когда царь в очередной раз потребовал предсказаний о будущем своего рода, Бомелий запросил ответ у волшебного хрустального шара. Тот поведал, что вторая жена царевича Ивана, испугавшись лютости свекра, родит раньше времени и умрет вместе с младенцем; что вслед за ней умрет сам царевич Иван; что средний сын Федор скончается рано, не оставив наследника, а младший сын Дмитрий погибнет, не дожив до совершеннолетия.
Разъяренный царь Иван швырнул в голову недавнего любимца тяжелый серебряный кубок. Бомелий остался жив, хотя удар мог стать роковым, но судьба, с которой «Елисейка» так долго играл, не сулила ему легкой смерти и тем более спасения. Через короткое время он был обвинен в предательстве, заключен в темницу и подвергнут пыткам. Руки и ноги Бомелия были вывернуты из суставов, а спина и все тело изрезаны проволочным кнутом. За пыткой наблюдал царевич Иван, а порой он сам заменял палача.
«Елисейка» признался не только во всем, в чем его обвиняли, но и во многом таком, о чем его даже не спрашивали. Когда царю доложили о признаниях Бомелия, он приказал зажарить его живьем. Бывшего лекаря привязали к деревянному шесту, выпустили кровь, дабы она не закипела от жара, и муки казнимого не прервались раньше времени, а потом зажгли огонь и поджаривали до тех пор, пока Бомелий подавал признаки жизни. Затем его бросили в сани и повезли в Кремль показать царю; тут Бомелий внезапно открыл глаза и проклял Ивана, после чего испустил дух.