Однако сам царь Петр, опасаясь, что действия запорожцев приведут к выступлению крымского хана, а также активизации колеблющихся польских сторонников короля Станислава I Лещинского и Карла XII, прилагал серьезные дипломатические усилия и активно руководил своими военачальниками, стремясь оставить шведов в изоляции. В течение марта-апреля он вел непрерывную переписку с Меншиковым и Шереметевым, требуя «… а наипаче тщитца каналию запорожскую и сообщникоф их искоренять», и угрожая, что «А ежели допустите и по сему не учините, тогда собою принуждены будите платить»[29].
Следуя указаниям Меншикова, отряд из трех пехотных полков под командованием полковника Петра Яковлева (Петр Иванович Яковлев начинал службу в частях Лейб-гвардии, являлся доверенным лицом царя Петра, в феврале 1706 года в звании поручика гвардии сумел доставить указания царя командованию русской армии, блокированной шведами в Гродно, в 1708 году уже командовал драгунским полком из рекрутов, сформированным и использовавшимся для подавления восстания донских казаков во главе с «сообщниками гетмана Мазепы» атаманами Кондратием Булавиным и Игнатом Некрасовым[30], после чего полк был расформирован и поротно обращен на комплектование других драгунских частей[31], а Яковлев участвовал в Полтавской битве в качестве командира Московского драгунского полка) и драгуны дивизии генерала Григория Волконского (князь Григорий Семенович Волконский), возглавляемые бывшим компанейским полковником Игнатием (Гнатом) Галаганом (Калаганом), двинулись в апреле из Киева вниз по Днепру, атаковали укрепленные пункты запорожцев (Келеберда, Решетиловка, Переволочна, Новый и Старый Кодак (Кудак)) и по очереди разгромили их, включая Запорожскую Сечь, которая пала 14 мая[32] (полковник Галаган вначале присоединился к шведам вместе с гетманом Мазепой, но затем, оценив положение шведской армии и ее перспективы, в декабре 1708 года перешел на царскую сторону и привел с собой отряд из 500 казаков, которые служили личной охраной Мазепы; за измену запорожские воины-волхвы («характерники») прокляли род Галаганов до седьмого колена и записали проклятие своей кровью (имеется соответствующий документ), и хотя царь Петр вознаградил Игнатия Ивановича Галагана, сделав Прилуцким и Чигиринским полковником, но его седьмой потомок – Павел Галаган, умер в 16-летнем возрасте от тифа, не оставив наследников).