На самом деле версия о причастности «Деи Грациа» к исчезновению команды не выглядела невероятно: это было первое, что могло прийти в голову, учитывая полагавшееся вознаграждение. Но кроме смутных подозрений у адмиралтейской комиссии не было никаких доказательств, а значит, и никаких оснований задерживать «Деи Грациа» в порту Гибралтара. Капитан Морхауз, ничего не получив, отплыл в Италию. Следствие по делу пропавшей команды временно было приостановлено.
Когда Морхауз после очередного рейса вновь появился в Гибралтаре, с ним еще раз пожелал побеседовать главный прокурор Флуд. Он скрупулезно изучил отчет капитана и был сильно озадачен некоторыми несоответствиями капитанского доклада и показаний экспертов комиссии, осмотревших бригантину в Гибралтаре. Дело, по мнению Флуда, оказалось гораздо сложнее, чем виделось вначале.
Адмиралтейскую комиссию смущала запись на грифельной доске. Предполагалось, что она сделана одним из помощников капитана «Марии Челесты». Но адмиралтейская комиссия установила, что эта запись сделана не рукой Бриггса, не рукой Джиллинга и не рукой Ричардсона. Об этом свидетельствовал анализ почерков. Кроме того, на этой же самой доске, в самом низу, комиссией обнаружена еще одна запись: «Франциска! Моя дорогая и любимая жена!» Слова были нацарапаны каким-то твердым острым предметом. Франциска – имя госпожи Ричардсон, жены помощника капитана «Челесты» и дочери ее владельца. Сличение почерков показало, что последняя запись была сделана рукой Альберта Ричардсона. На основании этого Флуд пришел к выводу о возможности мятежа на корабле или нападения на команду. Дело выглядело зловеще.
С течением времени фантазия моряков превратила историю «Марии Челесты» в легенду. Все пытались разгадать загадку покинутой бригантины. Министр финансов США Уильям А. Ричардсон разослал по всем атлантическим портам страны циркуляр с просьбой сообщить любые известия. Комиссия Адмиралтейства продолжала следствие. Один из членов комиссии, опытный капитан парусника, заявил, что, по его мнению, речь идет об инсценировке. Если люди покидали судно в спешке, то им некогда было думать о необходимых вещах, поэтому были оставлены курительные трубки и вещи, разбит и брошен компас.
И тут водолаз, обследовавший днище судна, увидел на борту в 50 см над водой узкий надрез двухметровой длины, глубиной примерно сантиметра два, который не походил на случайную царапину от удара о причал. Похоже, что он был сделан каким-то острым инструментом. Обследовав обшивку носа бригантины с противоположной стороны, водолаз обнаружил там точно такой же надрез. Вновь зашла речь о мистике. Каким образом были нанесены эти разрезы, никто понять не мог.