История рукописи крайне запутана, но цепочка выстраивается следующим образом. Первоначально она принадлежала королю Рудольфу I, точнее – его придворному фармацевту Якобу Хорчицки (его фамилия значится на одной из первых страниц). Король считал ее автором алхимика Роджера Бэкона. Кстати, того самого, который сказал: «Тот, кто пишет о тайнах языком, доступным каждому, – опасный безумец!» Вот почему в рукописи ничего нельзя прочесть. Но ведь хочется же!
От Хорчицки манускрипт попал в руки его друга – чешского алхимика Георга Бареша, жившего в Праге в начале XVII века. Узнав, что известный ученый Атанасиус Кирхер опубликовал коптский словарь и расшифровал египетские иероглифы, любознательный Бареш скопировал часть рукописи и в 1639 году дважды послал этот образец Кирхеру с просьбой о помощи. Если учесть, что именно Кирхер был одним из самых известных выдумщиков и мистификаторов, сочинившим «Оду Пиндара», то ситуация вырисовывается забавная. Даже Кирхер не мог помочь в расшифровке, но положил глаз на таинственную книгу, сулившую много новых открытий и мистификаций. Он предложил Барешу продать ее. Тот книгу не понимал, но продавать отказался. После смерти Бареша она перешла к ректору Пражского университета Иоганну Марци. Его письмо все тому же Кирхеру с той же просьбой, но датированное уже 1666 годом было приложено к книге. Дальше она попала вместе с остальной перепиской Кирхера в библиотеку Римской коллегии (Григорианский университет) и оставалась там, пока войска Виктора Эммануила II не захватили город в 1870 году. Папское государство было присоединено к Италии. Новые власти конфисковали у церкви большое количество имущества, в том числе библиотеку. Сотрудники библиотеки в спешке разбирали книги по домам, чтобы они не попали в руки новой власти. Так рукопись Войнича попала в имение иезуитов. Об этом свидетельствует и помещенный в книге экслибрис Нетруса Беке – в то время главы иезуитского ордена.
После смерти британского антиквара, а до этого – литовского революционера Вильфрида Войнича книга оказалась у его вдовы – знаменитой писательницы Этель Лилиан Войнич, которую все знают по роману «Овод». В 1959 году букинист Ханс Краус приобрел у нее рукопись за 24 500 долларов и в 1969 году подарил ее библиотеке редких книг «Бейнеке» Йельского университета, где она и хранится до сих пор. Книгу стали называть «рукопись Войнича», тем более что означенный владелец утаил имена предыдущих обладателей.