Батюшин являлся участником Русско-японской войны. С октября 1904 года в звании подполковника он занимал должность помощника старшего адъютанта управления генерал-квартирмейстера 2-й Маньчжурской армии.
В мае 1905 года Батюшин возвратился в штаб Варшавского военного округа и был назначен руководителем подразделения разведки и контрразведки. В этой должности он проработал до начала Первой мировой войны. В декабре 1908 года был произведен в полковники.
Позже в своей книге «Тайная военная разведка и борьба с ней» генерал-майор Батюшин напишет: «Особенную пользу принесло мне почти десятилетнее пребывание в должности начальника разведывательного отделения нашего главного военного округа – Варшавского, на долю которого приходилось две трети границы с Германией и Австро-Венгрией».
Во время Первой мировой войны Батюшин являлся начальником разведывательного отделения штаба Северо-Западного фронта. С декабря 1915 года – генерал-майор.
В связи с присвоением Н. С. Батюшину воинского звания генерал-майора хотелось бы обратить внимание читателя на следующий интересный момент. Видные российские историки отечественных спецслужб И. И. Васильев и А. А. Зданович в одной из своих работ подчеркивали: «В русской армии со времен Петра I генералы обязательно обозначались по роду войск: от инфантерии, от кавалерии, от артиллерии. В XX столетии, открывшем эпоху тотального шпионажа, который окончательно оформился в годы Первой мировой войны, впору было бы ввести генеральское звание от разведки и контрразведки или, по-нынешнему, генерала от спецслужб.
Полновесное генеральское звание за заслуги в освоении нового вида оружия, годного и для мирного, и для военного времени, в российской армии первыми получили два кадровых военных – Николай Августович Монкевиц и его тезка Николай Степанович Батюшин (а мы добавим – оба военные разведчики и контрразведчики. – Авт.)».
История повторяется. 10 ноября 2015 года руководителю Министерства внутренних дел Российской Федерации Владимиру Александровичу Колокольцеву Президентом России было присвоено специальное звание генерала полиции. Это звание соответствует воинскому званию генерала армии. Ранее руководитель министерства имел звание генерал-полковника полиции.
Но вернемся к Николаю Степановичу Батюшину.
Указанные выше историки отечественных спецслужб следующим образом характеризовали генерал-майора: «Он отличался исключительной работоспособностью, инициативой, системностью оперативного мышления, имел богатый кругозор специалиста, что позволяло ему принимать нешаблонные решения».