У обеих школ было несколько общих недостатков. Им было свойственно наивное переписывание официозных текстов без их критики. Кроме того, они разделяли взгляд на ислам как на религию, не способную к развитию и основанную на анахроничных текстах Корана, хадисов и их средневековых мусульманских комментариях. По этой логике история ислама в России сводилась к ряду упрощенных дихотомий, созданных ранней советской историографией и разработанных в западной советологии. Считалось, что XIX и начало XX века проходили под знаком борьбы выступавших за раздел империи на национальные государства мусульман-модернистов, или джадидов, с традиционалистами-кадимистами, а советский период – в противостоянии запрещенного в СССР параллельного ислама суфиев и народных культов святых официальному исламу региональных Духовных управлений мусульман или муфтиятов. Эти схемы преувеличивали роль татарского модернизма и сопротивления мусульман властям империи и СССР.
На самом деле в истории России вооруженное противостояние мусульман и государства случалось намного реже, чем сотрудничество. Есть множество примеров вхождения мусульманской военной и духовной элиты и просто мусульман во власть. Достаточно указать на множество тюркских фамилий мусульманского происхождения в составе российского дворянства. Самыми знаменитыми из них были Юсуповы, Тенишевы, Урусовы. До конца XVII в. в составе Московской Руси существовало вассальное Касимовское ханство во главе с династией мусульман-чингисидов. С начала XIX в. кавказские мусульмане служили в гвардии и императорском конвое. К концу XIX в. в России появились влиятельные мусульманские купеческие династии Хусайновых в Оренбурге, Акчуриных в Казани, Тагиевых в Баку. Известный реформатор ислама Исмаил-бей Гаспринский работал градоначальником Бахчисарая. Ризаэтдин Фахретдинов, Ишан-хан Бабаханов и другие мусульманские ученые-улемы служили при советской власти чиновниками-муфтиями.
Советский научный атеизм и западная советология с распадом Союза и концом холодной войны ушли в небытие. Однако созданные ими ошибочные клише продолжают жить. Они особенно популярны у российских и западных политологов и религиоведов, среди которых немало бывших советских атеистов, специалистов по марксистско-ленинской философии и советологов. Об опасности клише времен холодной войны предупреждал ученых американский исламовед Девин ДеВиз