Его жизнь в Наджафе была очень тяжёлой. На этот счёт можно процитировать воспоминания его покойной жены Джамили Фаршбаф Энтезар: «Во время жары летом мы вынуждены были жить в погребах на глубине нескольких метров под землёй. Там были даже змеи, но они ели остатки нашей пищи и никогда не причиняли нам вреда». Жена Алламы Джафари никогда не покидала его за все годы тяжёлых испытаний. Лишь немногие знают, насколько важной была её поддержка в жизни этого выдающегося иранского социального философа. После её смерти, на могиле своей жены, Аллама Джа‘фари выразил свою признательность в следующих словах:
«Эта женщина прожила со мной больше 40 лет, терпя все трудности, с которыми мы сталкивались […]. Она никогда не останавливала меня, она всегда позволяла мне делать то, чем я занимался, пренебрегая своими собственными желаниями. Я должен выразить ей свою большую признательность, особенно за те тяжёлые годы, проведенные в Наджафе. И за все эти сорок лет! На самом деле мне не остаётся больше ничего, как поблагодарить её за всё, что она сделала для меня, и помолиться о том, чтобы её душа покоилась с миром».
Алламу Джа‘фари связывала близкая и долгая дружба с Муххамадом Резой Музаффаром, великим философом, и Ахмадом Амином, известным математиком Багдадского университета и автором книги «Эволюция в исламе». Он хорошо разбирался в других областях знания – таких, как физика, эстетика, социология, история, психология и т д., и постоянно следил за событиями в западной и европейской литературе и науке. Его первая книга «Взаимоотношения человека и Вселенной», написанная, когда ему было 30 лет, показывает, что он не находился в стороне от современной научной мысли и литературы. Эта книга, рассматривающая проблемы физики и философии, показывает, насколько серьёзной он считал взаимосвязь современности с религией, относясь критически к модернизму и, в то же время, открыто потрясая основы догматизма в вопросах интерпретации положений религии. Важно отметить, что его критическая манера изложения была частью стиля молодого иранского учёного, обучение которого заключалось в беседах с ведущими исламскими мыслителями своего времени, учёного, погружённого в исследования актуальных направлений научной мысли. Конечно, не следует забывать о решающей роли религиозного мировоззрения в формировании его мысли и социальной теории, отражающих важнейшую роль единения как руководящего принципа знания. По поводу интегрального подхода к постижению знаний он сказал следующее: