После окончания войны с Японией Трояновский был переведен в Четвертый Сибирский артиллерийский дивизион в Иркутске. Во время его пребывания там пошли слухи о возможном использовании армейских частей для массовых репрессий против растущего революционного движения. Молодой офицер ужаснулся при мысли, что и его части может быть приказано принимать участие в этих репрессиях. Именно тогда он пришел к решению о необходимости уйти в отставку из армии и полностью посвятить себя революционной деятельности.
Рапорт, который он подал командиру своего дивизиона, гласил: «Вслед за роспуском Государственной думы армия может быть брошена против народа для подавления в небывалых еще размерах силою оружия его стремления к лучшим формам государственной и общественной жизни, тогда как сама армия содержится на средства, собранные с народа, для него существует и интересам его только должна служить. Считая унизительным для своего достоинства, противным чести, совести и долгу перед родиной находиться при таких условиях в рядах армии, прошу ходатайствовать об увольнении меня от службы…»
К рапорту было приложено прошение на имя Николая II, где Трояновский писал, что «веление совести» лишает его возможности «при современных условиях и роли, какую играет в настоящее время армия» в российском государстве, продолжать службу. Он просил принять его отставку.
Прочитав этот рапорт, командир дивизии пришел в ужас. Он пытался отговорить молодого поручика, указывая на тяжелые последствия, которые его ждут, но тот был непреклонен. Рапорт пошел по инстанциям. 14 сентября 1906 года последовал приказ военного министра «об увольнении поручика Трояновского со службы и о предании его суду без производства предварительного следствия». 16 октября отставка была принята «высочайшим указом». Затем последовал военный суд, который вынес приговор о лишении «уволенного в отставку бывшего поручика Александра Трояновского всех прав офицера в отставке». Отныне он становился «неблагонадежным», или, как бы мы сказали сегодня, диссидентом.
После этого отец формально стал числиться сотрудником редакции леволиберальной газеты «Киевская мысль», где писал рецензии на музыкальные концерты. Газета служила ему крышей для революционной деятельности, а его знакомство с музыкой ограничивалось тем, что он познал, играя на кларнете в духовом оркестре кадетского корпуса. Чтобы хоть как-то заполнить пустоты своего музыкального образования, он обычно приглашал заезжего музыканта на обед накануне концерта и таким образом узнавал кое-какие сведения о музыке, которая должна была прозвучать на следующий день. Однажды очередной гастролер в последний момент изменил программу концерта, и это стало финалом карьеры молодого музыкального рецензента.