Внезапно, к 1930 году Булгаков впал в немилость: его пьесы начали изымать из репертуара театров, перестали публиковать произведения, особенно ожесточенно ругали критики. Сильно пошатнулось его материальное положение, которое в итоге и вынудило Михаила Афанасьевича написать открытое письмо, адресованное И.Сталину с просьбой позволить либо навсегда покинуть страну, либо нормально продолжать работать во МХАТе. Ответом стало предложение присоединиться к сотрудникам этого театра.
В 1930 году некоторое время работал режиссером в Центральном театре рабочей молодежи (ТРАМ), затем – до 1936 года выполнял обязанности режиссера-ассистента во МХАТе. К слову, в 1932 году на сцене этого театра была поставлена пьеса «Мертвые души» Н.В. Гоголя в авторской переработке Булгакова. Выехать за границу так и не получилось – в 1934 году в этом писателю было отказано на оба прошения, зато, он стал членом Союза советских писателей. А 1935 год стал знаменательным для Михаила Афанасьевича в виду его дебюта в роли актера на сцене МХАТовского театра – он был судьей в спектакле «Пиквикский клуб» Ч. Диккенса. Именно по мотивам работы в коллективе этого знаменитого театра позже было написано произведение «Записки покойника». Прообразами для которого выступили сами сотрудники театра.
В 1936 году после долгих лет репетиций состоялась премьера спектакля «Кабала святош» или «Мольер», но спустя семь лет она была запрещена и снята с репертуара. Разгромная статья, опубликованная в «Правде» по поводу этой пьесы, вынудила Михаила Афанасьевича вообще покинуть МХАТ.
Он перешел в Большой театр, где занимал должность либреттиста и переводчика. Там он познакомился и подружился с Исааком Дунаевским. Является автором либретто «Минин и Пожарский» и «Петр I». В 1939 году Булгаков трудился над пьесой «Батум» (посвященной И. Сталину) и либретто «Рашель», но в самый последний момент вождь пролетариата передумал давать добро на эту постановку и «Батум» был запрещен.
Эта неудача серьезно сказалась на здоровье М.А. Булгакова. Потеря зрения, как позже установили врачи, была вызвана гипертоническим нефросклерозом, бывшим наследственным (от этой болезни скончался отец писателя). Он вновь начал принимать морфий для снятия болевого синдрома. Тогда же, словно предчувствуя неладное, Михаил Афанасьевич стал диктовать супруге окончательный вариант «Мастера и Маргариты».