На протяжение следующих трех лет жизни в Риме, продолжается работа над вторым томом поэмы, но сильный душевный разлад становится причиной консультаций поэта со всяческими известными докторами и постоянных переездов с одного курорта на другой. В порыве усиления заболевания Гоголь в конце июня 1845 года уничтожает рукопись второго тома. Снова берется за работу, но дело движется крайне сложно, он постоянно отвлекается на другие, более важные занятия: написание предисловия ко второму изданию поэмы «К читателю от сочинителя», «Развязки Ревизора».
Чувствуя необходимость объяснить столь долгое написание второго тома «Мертвых душ», равно как и предоставления некой компенсации за это, в 1847 году выходят в свет «Выбранные места из переписки с друзьями», где он выражает сомнения в оправданности и действенности преподавательской функции художественных произведений и ратует за неукоснительное соблюдение своего долга всеми без исключения сословиями: от простого мужика до государя. Публикация данного творения вызывает просто шквал критики и неодобрения. Однако расстроенный поэт узнает об этом, будучи снова в пути: переезжает из Неаполя в Париж и потом в Германию.
Еще находясь в Италии, в рамках давно запланированного паломничества к святым местам, усердно прочитывает русскую периодику, все новинки беллетристики, исторические и фольклорные книги. Холодным январем 1848 года Гоголь морским путем отправляется в Иерусалим, после посещения которого насовсем приезжает в Россию. Живет в Москве, иногда навещая Петербург и родные места в Малороссии.
В 1849-1850 Николай Васильевич решается зачитать некоторые из глав второго тома «Мертвых душ» своим приятелям, встретивших их великолепно. Приободренный писатель с особенным рвением принялся за работу. Однако не забывает он и о своей личной жизни: наконец решается сделать предложение Виельгорской А.М., но она отказывает ему.
Октябрь 1850 года застает писателя в Одессе – в прекрасном расположении духа и добром здравии, дружен с актерами одесской труппы, даже преподает им уроки исполнения комических ролей. Затем отправляется в родные места, а оттуда снова возвращается в Москву, где продолжает зачитывать друзьям отдельные главы из второго тома поэмы.
В самом начале января Гоголь дает знать Арнольди о том, что второй том полностью завершен. Но уже конец месяца ознаменован возвращением душевного разлада, сомнений в своем писательском таланте и ценности всей работы. Причиной этого стала неожиданная смерть близкого друга писателя – Е.М. Хомяковой. Поэт сам предчувствует скорую погибель. Седьмого февраля он исповедовался и причастился, а в ночь с одиннадцатого на двенадцатое – уничтожил в огне беловой вариант второго тома «Мертвых душ». И 4 марта (21 февраля по ст. стилю) утром Николая Васильевича Гоголя не стало. Он умер в своей квартире в доме Талызина в Москве. Проститься с гениальным поэтом пришло огромное количество людей, а погребен он на кладбище Свято-Данилова монастыря, откуда в 1931 году перевезен и перезахоронен на Новодевичьем кладбище.