Во время событий в сентябре – начале октября 1993 г. по поручению А. Собчака организовывал переброску в Москву полка спецназа, который участвовал в блокировании Белого дома, зачистке от сторонников парламента мэрии и гостиницы «Мир» (ЛГ. 2000. 23–29 фев. № 8 (5778)).
Начиная со второй половины 1993 года во время частых отъездов за границу А. Собчак стал оставлять вместо себя «на хозяйстве» именно В. Путина. Кроме Комитета по внешним связям, ему была поручена также комиссия мэрии по оперативным вопросам.
В марте 1994 г. А. Собчак создал в Санкт-Петербурге городское правительство, став его председателем. Первым заместителем председателя правительства Санкт-Петербурга – председателем КВС был назначен В. Путин (позже в том же году название должности было изменено: первый заместитель мэра г. Санкт-Петербурга – председатель КВС).
В марте-апреле 1994 года курировал от городской исполнительной власти избирательную кампанию по выборам Городского (Законодательного) собрания и создание подконтрольного мэрии блока «Весь Петербург» («блок Сергея Беляева»). Расставив своих кандидатов почти по всем округам, блок «Весь Петербург» получил только 4 мандата из 24 (2-е место после оппозиционного мэрии «прояблочного» блока «Любимый город», получившего 5 мандатов); из-за низкой явки избирателей еще в 26 округах выборы были признаны недействительными.
Осенью 1994 года курировал довыборы в Законодательное собрание (ЗС) Санкт-Петербурга, на которых около половины мандатов получили лояльные к мэрии бизнесмены и политики центристской и умеренно-демократической ориентации (в т. ч. 7 мандатов – «Единый демократический список», составленный из кандидатов партии «Демократический выбор России», блока «Весь Петербург», блока «Демократическое единство Петербурга» и нескольких независимых). 2-е место на довыборах заняли «Коммунисты Ленинграда» (4 мандата), 3-е место – «Любимый город» (3 мандата).
При поддержке группы независимых депутатов в ЗС Санкт-Петербурга добился в начале 1995 года снятия фракцией «Любимый город» неприемлемой для мэрии кандидатуры контр-адмирала Вячеслава Щербакова и избрания спикером более нейтрального Юрия Кравцова (от «Любимого города») – в связке с заместителями спикера независимыми депутатами Сергеем Мироновым (Строительная корпорация «Возрождение Санкт-Петербурга», избран от блока «Весь Петербург») и Виктором Новоселовым.