В XVIII веке в связи с усилением крепостнического гнета возникли массовые крестьянские выступления, прикрывавшиеся часто царистскими лозунгами. Руководители отдельных выступлений также попадали в монастырские тюрьмы. Так, в 1764 г. в курский Богородицкий Знаменский монастырь заключили крепостного крестьянина Даниила Тихонова, распространявшего слухи о появлении царя Петра III. В 1765 г. после жестокого наказания в тюрьму Тобольского монастыря заключили крестьянина Евдокимова, выдававшего себя за русского царя[43]. Ближайшие соратники Емельяна Пугачева Чика и Губанов после разгрома крестьянского восстания были посажены в застенок при Казанском соборе в Уфе под соборной колокольней, а крепостной крестьянин Василий Журавлев, поддерживавший во время восстания связь с уральскими казаками, был заточен в тюрьму Суздальского монастыря.
После подавления крестьянского восстания под водительством Пугачева появился новый самозванец Осип Журыгин, выдававший себя за сына Екатерины II. Самозванца бросили в Суздальскую тюрьму. В Соловецкой тюрьме закончил свою жизнь другой самозванец, Тимофей Курдинов, называвший себя принцем Иоанном и пытавшийся вызвать народное возмущение[44].
И в XIX в. в монастырские тюрьмы попадали участники антиправительственных и революционных движений. В Соловецкую тюрьму из Красноярска был переведен декабрист Ф. П. Шаховской, после того как он заболел там психическим расстройством. Сюда же были посажены участники тайного общества, студенты московского университета Николай Попов и Михаил Критский, сочувствовавшие декабристам. В 1850 г. здесь оказался студент Георгий Андрузкий «за вредный образ мыслей и злонамеренные сочинения».
В монастырские тюрьмы попадали также крестьяне, боровшиеся против крепостного гнета и пытавшиеся облегчить свое положение. Так, в 1837 г. в Рыльский монастырь заключили крепостного крестьянина Ефима Никитина за «сумасбродные вымыслы о преобразовании государственного управления». Несмотря на тяжкие условия заключения, он не пал духом, даже изобрел какую-то машину. Его освободили только в 1850 г.[45]. В Соловецкой тюрьме в 1864 г. находился студент Казанской духовной академии Яхонтов. Он принимал участие в организации панихиды по крестьянине Антоне Павлове, казненном после зверского подавления крестьянского восстания в местечке Бездна Пензенской губернии, когда было убито и умерло от ран более 90 человек.