Православная церковь практиковала отлучение довольно широко, в зависимости от характера и суровости его последствий, оно называлось еще «анафемой», «извержением», «неблагословением», «клятвой». Православная церковь также применяла отлучение не только к отдельным лицам, но и к целым городам и областям. Посредством отлучения церковь и правительство расправлялись с антицерковными движениями, принимавшими форму ересей и раскола и являвшимися одной из форм социального протеста.
Некоторые церковные иерархи активно выступали на стороне московских князей против феодальных княжеств и отлучали от церкви князей, не желавших подчиниться власти Москвы. Так, борясь с псковским князем Александром, митрополит Феогност отлучил его и всех псковичей от церкви до тех пор, пока те не выдадут своего князя на расправу князю московскому. Во время вражды Василия Темного с князем Дмитрием Шемякой митрополит Иона, защищая интересы Василия, обратился в 1448 г. к населению с посланием, в котором он освобождал его от присяги Шемяке. За неподчинение он обещал отлучить от церкви, закрыть все храмы и прекратить совершение церковных обрядов. В том же году митрополит Геронтий «в последний раз» угрожал отлучением вятичам за нежелание подчиниться московскому князю. «Если не послушаете нас, – писал разгневанный владыка, – и мы вашим игуменам и попам… приказали, чтобы они не благословляли вас… и церкви бы все затворили и от вас пошли бы из земли всей вон». Геронтий предупреждал жителей, что он затворит все церкви и отзовет из их земли всех священников[54].
В 1537 г., в малолетство Ивана IV, князь Андрей Старицкий хотел оставить Москву и уехать во враждебную Москве Литву. Митрополит Даниил послал к князю Андрею своих посланцев с угрозой, что если он выполнит свое намерение, то на него и на жителей его земли будет наложено церковное проклятие. Князю Андрею пришлось смириться.
Последователи новгородско-московской ереси конца XV – начала XVI в., представшие перед церковным судом, в 1490 г. были также отлучены от церкви и преданы церковному проклятию. После разгрома этого антицерковного движения на соборе 1504 г. руководителей ереси Ивана Волка, Курицына, Ивана Максимова, Митю Пустоселова и Некраса Рукавова вместе со всеми сторонниками предали анафеме. Затем их сожгли.