После Белера независимость Доминиканской республики от Гаити стала свершившимся фактом, но этого никак не желали признать сами гаитяне. В 1849, 1853 и 1855-1856 годах гаитянские войска вновь пытались вновь установить свой контроль над восточной частью острова.
«Сильным человеком» молодой республики был герой войны против Гаити Педро Сантана. В 1848 году он проиграл президентские выборы, но постоянные нападения гаитян неизменно возвращали ему реальную власть.
Доминиканская республика в те годы представляла собой классическое «неудавшиееся государство». Прежде всего, не существовало единой экономики. На севере богатые фермеры выращивали на экспорт (в основном в Германию) табак. Они были отделены от южной части острова труднопроходимыми горами. На юго-востоке крупные помещики занимались скотоводством. Там царили полуфеодальные порядки – поместья-асиенды с пеонами-батраками. Соответственно, юг был политическим оплотом консерваторов, а север – либералов и прогрессистов.
Сантана поссорился с фермерами долины Сибао: под предлогом финансирования отпора гаитянской агрессии он выпускал много бумажных денег, за которые дешево скупал урожай фермеров. Затем деньги обесценивались, и фермеры оказывались на грани банкротства.
В 1849 году Сантана использовал очередное нападение гаитян для свержения президента Мануэля Хименеса. Под дулами ружей армии Сантаны конгресс Доминиканской республики избрал президентом уже упоминавшегося выше богатого торговца деревом Баэса[25]. Тот, однако, не хотел играть роль марионетки, поэтому Сантана «избрался» президентом сам. Это произошло в 1853 году, когда стране опять угрожали гаитянские войска. Баэсу пришлось уехать в эмиграцию.
Все время в перерывах между сражениями с Гаити Сантана не переставал вести с иностранными державами переговоры об установлении протектората над молодым государством. Видимо, Сантана (как впрочем, и подавляющая часть доминиканской элиты) не был уверен в том, что натиск гаитян удастся сдержать. Сантана предлагал протекторат над Доминиканской республикой Великобритании, Франции, США и Испании. В качестве приманки он был готов передать военно-морским силам этих стран глубоководную гавань в Самане.
В 1856 году (после очередного нападения Гаити) Сантане все же удалось согласовать с США договор о передаче американцам базы на полуострове Самана. Однако народу это решение пришлось не по вкусу, и перед лицом мощного недовольства населения Сантана в мае 1856 года был вынужден уйти в отставку. Из эмиграции вернулся его старый противник Баэс и охотно заменил генерала на посту главы государства.