16 августа 1863 года группа доминиканских патриотов во главе с Сантьяго Родригесом, Хосе Кабрерой, Бенито Монсионом и Педро Антонио Пиментелом перешла гаитянскую границу[29]. Было образовано временное правительство Доминиканской республики, и началась война с испанцами, вошедшая в историю страны как «национальная война за реставрацию (независимости)». Сантану временное правительство приговорило к смертной казни как изменника, но он умер в 1864 году от непонятной болезни и был похоронен на территории столичной крепости Осама[30].
Под натиском патриотов во главе с генералом Пиментелом войска испанского генерала Бусеты, базировавшегося на Сантьяго, стали сдавать свои позиции на севере острова. Чтобы задержать преследовавших его доминиканцев, Бусета разбрасывал на дороге золотые монеты. 6 сентября 1863 года доминиканцы осадили Сан-Луис – главную крепость Сантьяго. В отчаянии Бусета обстрелял зажигательными снарядами город, который превратился в огромный костер.
Тем не менее Бусете пришлось начать переговоры с доминиканскими генералами Григорио Лупероном и Гаспаром Поланко[31]. Патриоты соглашались отпустить испанцев на все четыре стороны при условии, что те сдадут оружие. Возмущенный испанец воскликнул: «Войска Ее Величества никогда не сдавали оружие, которое было им доверено, чтобы защищать ее честь!»
Испанцы стали отступать из Сантьяго на Пуэрто-Плату (крупнейшая экспортная гавань того времени). Постоянные атаки доминиканцев стоили Бусете более тысячи убитых и двухсот раненых.
После освобождения Сантьяго 14 сентября 1863 года было образовано «реставрационное правительство» Доминиканской республики во главе с Хосе Антонио Эспаильятом.
1864 год показал испанскому главнокомандующему на острове генералу Гандаре всю бесперспективность дальнейшей борьбы. Желтая лихорадка и пули патриотов стоили жизни примерно 10 тысячам испанцев. Гандара запросил разрешения Мадрида на начало мирных переговоров с доминиканцами. Свою роль в развитии событий сыграла и ставшая очевидной к тому времени победа Севера в гражданской войне в США. Испания боялась, что мощная и прекрасно вооруженная американская армия Линкольна прогонит «войска Ее Величества» не только с Эспаньолы, но и заодно с Кубы и Пуэрто-Рико[32].
Испанцы были бы разбиты уже давно, однако в стане самих патриотов бушевала борьба за власть между различными героями освободительной войны. Первый временный президент восстановленной Доминиканской республики Сальседо (сторонник Баэса) был смещен со своего поста генералом Поланко в сентябре 1864 года. Поланко, в свою очередь, отстранил через три месяца генерал Антонио Пиментел. В феврале 1865 года повстанцы собрались на общенациональный съезд, приняли новую конституцию (так называемую конституцию Второй республики) и утвердили Пиментела в должности президента.