До 2004 г. в течение более 15 лет экологическая экспертиза находилась в ведении одного и того же специально уполномоченного государственного органа – Министерства природных ресурсов и его предшественников. В соответствии с Постановлениями Правительства Российской Федерации от 30 июля 2004 г. № 400 и 401 функции организации и проведения государственной экологической экспертизы возложены одновременно на Федеральную службу по надзору в сфере природопользования (Росприроднадзор) и Федеральную службу по экологическому, технологическому и атомному надзору (Ростехнадзор). Росприроднадзор отвечает за экспертизу проектов, связанных с отчуждением и использованием земельных, водных и минеральных ресурсов. Некоторые региональные подразделения Росприроднадзора кроме того выполняют предварительное согласование проектов. Ростехнадзор взял на себя экспертизу проектов, реализация которых связана с выбросами, сбросами, размещением отходов и другим негативным техногенным воздействием на окружающую среду.
Введенная система имеет определенные преимущества, но также и недостатки, обусловленные искусственным выделением и изолированным рассмотрением технических и собственно экологических аспектов оценки проектов, которые в своем большинстве, безусловно, требуют целостной или по крайней мере комплексной оценки. Очевидно, эта схема в скором времени будет подвергаться коррекции.
Более того, принятие в конце 2004 г. нового Градостроительного кодекса, предписывающего проведение только одной комплексной экспертизы, поставило под сомнение сохранение института государственной экологической экспертизы в будущем.