Конфликт кончился тем, что узнавший о действиях Киевского владыки патриарх Московский Иоаким 5 марта 1688 г. издал грамоту, которая подтверждала ставропигиальный статус[26] Межигорского монастыря и под клятвой запрещал местным духовным и мирским властям вмешиваться в отношения Межигорья и Запорожья, которое в свою очередь навсегда признавалось патриархом парафией этого монастыря.
Таким образом, к началу XVII века на Запорожье сложилась оригинальная церковно-административная система. Во главе ее формально стоял русский патриарх, а фактически – Запорожский кош.
Косвенным подтверждением происхождения донских казаков от новгородских и вятских ушкуйников служит близость их церковных обрядов.
«В церковном управлении новгородцы до XVI в. обособлялись от московских митрополитов, а потом патриархов; высшее и низшее духовенство избирали на вече, без согласия Москвы. Новгородцы также не приняли греческих строгих церковных уставов, а продолжали сохранять свой народно-вечевой суд над духовенством по своему древнему народному праву. Считая себя по культурности выше других народностей, в том числе и греков, они принимали христианство с большой осторожностью и упорством, а принявши, оставили много обычаев и обрядов из своего древнего языческого культа. Так, например, при обряде церковной свадьбы священник должен ехать впереди с крестом в облачении, а жених сзади с волхвом (знахарем, колдуном). Этот обычай был запрещен духовным собором в 1667 году.
Женщина-новгородка, помимо отца и матери, должна была говорить публично на вече “люб ей жених или не люб”.
Венчались в церкви, хотя это считалось не обязательным, и около ракиты, как о том поется в былине о Дунае Ивановиче: “там они обручалися, круг ракитова куста венчалися”.
Женились 4, 5 и 6 раз и также свободно разводились, передавая на вече публично жен другим.
Все эти и многие другие религиозные обряды и обычаи новгородцы целиком перенесли на Дон. Обособленность Дона в церковном отношении от Москвы всем известна. По словам протоиерея Гр. Левицкого, в 1687 г., после усмирения бунта Разина, на Дон впервые была прислана грамота с повелением поминать на большом выходе имя московского патриарха: до этого же донское духовенство, избираемое казачьим кругом, как и в древнем Новгороде, никакого отношения к московским владыкам не имело»