Вопросами религиозной философии начал интересоваться с 16 лет. Изучал вначале русских религиозных философов, затем перешёл к святоотеческому богословию. Главный интерес его исследований – обретение целостного мировоззрения, основанного на Священном Писании и Священном Предании Православной Церкви и охватывающего в то же время проблемы человеческой истории и культуры. «Цельное знание» мыслится при этом не как «синтез» религии и культуры, но как воцерковление культуры через осмысление её в свете церковного сознания.
В. А. Капитанчук был одним из соавторов Обращения на Поместный Собор Русской Православной Церкви 1971 г., которое было посвящено критике богословского модернизма, начавшего в то время проникать на страницы Журнала Московской Патриархии. Некоторое время Капитанчук принимал участие в диссидентском движении, став в 1976 г. одним из учредителей Христианского Комитета защиты прав верующих. В дальнейшем изменил своё отношение к диссидентству и совершенно отошёл от него.
В последние десять лет Капитанчук неоднократно выступал на различных, в том числе международных богословских и философских конференциях с результатами своих работ. Одна из статей, под названием: «Выбор России в свете православной веры», имеющая обобщающее значение для большой части его работы была опубликована в журнале «Любовь и вера», 1, 1995 г. До «перестройки» неоднократно публиковался в «самиздатских» журналах и под различными псевдонимами в зарубежных изданиях.
В настоящее время продолжает заниматься вопросами иконологии. В отличие от иконоведения, изучающего собственно иконы, под «иконологией» понимается учение об образах и структурах тварного мира вообще, основанное на православной церковной традиции.
В шестидесятых годах в стране началось бурное строительство блочных и панельных домов с малогабаритными квартирами с целью расселения московских коммуналок. Наша семья тоже получила маленькую двухкомнатную квартиру в одном из «хрущёвских», как их тогда называли, домов. Мы переехали в Измайлово. До того времени наш дом был на Бакунинской улице, недалеко от Елоховского, патриаршего собора. Это почти центр Москвы. А Измайлово тогда было ещё довольно далёкой окраиной. Оно только недавно начало застраиваться «хрущёвскими» домами и превращаться в один из спальных районов Москвы. А раньше Измайлово – это был старинный Петровский городок, связанный с юностью Петра I и Измайловский парк, куда мы с ребятами из школы по выходным часто ездили кататься на лыжах.