В 1901 г. Виктор Константинович назначен командиром 22-й пехотной дивизии. В 1902 г. ему присвоено звание генерал-лейтенанта. После начала Русско-Японской войны с 1904 г. во главе своей дивизии Аффанасович принимает участие в военных действиях в Манчжурии, где с 21 по 27 сентября участвовал в наступлении против японцев. Бойцы 22-й пехотной дивизии отличились в боях за безымянную сопку при реке Шахэ, которая после взятия была названа Новгородской, так как дивизия дислоцировалась в России на территории Новгородской губернии.
С 28 по 30 сентября 1904 г. командовал отрядом из 85-го пехотного Выборгского и 87-го пехотного Нейшлотского полков и 3-й батареи 6-й артиллерийской бригады, был в бою под Хамытаном. По болезни эвакуирован в Петербург и впоследствии состоял в распоряжении начальника Главного штаба и военного министра, состоял председателем военно-исторической комиссии по описанию Русско-Турецкой войны 1877—78 гг.
Генерал-лейтенант Виктор Константинович Аффанасович за время военной службы был награждён российскими орденами вплоть до ордена св. Станислава I ст., а также несколькими иностранными, в том числе австрийским орденом Франца-Иосифа I ст., французским орденом Почётного Легиона и другими.
Кроме успешного продвижения по военной службе, постоянного перемежения командных и штабных должностей, Аффанасович был талантливым писателем, естествоиспытателем и учёным. Кроме упомянутой книги «Производство военных рекогносцировок», и «Воспоминаний» о Русско-Турецкой войне, в 1883—1884 гг. он издал «Наставление для летних топографических занятий офицеров» и совместно с В. С. Высоцким – «Курс топографии для военных и юнкерских училищ».
Но самое интересное, что Аффанасович был опытным садоводом, секретарём Императорского общества садоводства, недаром он временно управлял имением «Массандра». Он автор многих практических руководств по садоводству и растениеводству, таких как «Плодовый сад и домашний огород любителя в северной полосе России», «Лучшие пальмы для комнатной культуры» и некоторых других. Статьи В. К. Аффанасовича на самые различные темы выходили и в периодической печати, например, статья «Северный житель на южном берегу Крыма (О виноградарстве в Массандре и Айданиле)». Данные книги и статьи не носили чисто теоретического, научного характера, а, напротив, описывали практическую деятельность человека, увлечённого садоводством и растениеводством. Аффанасович описывал свою деятельность на этом поприще, давал советы, проверенные на собственном опыте. В своих публикациях он описывает выбор сортов, места посадки, правила ухода за многими видами садовых деревьев и кустарников.