О набожности Скобелева неизвестно ничего. Святые для любого православного христианина слова «Господь Бог, Иисус Христос, Святой Дух» он старательно обходил как в речи, так и на письме. Но считать Скобелева откровенным безбожником было бы заблуждением. Судя по его разрозненным высказываниям, он основательно знал Библию, находил многое поучительное в Священном писании и извлек собственное понимание христианства. Многовековые каноны Скобелев трактовал по-своему, возведя в главенствующий постулат всеобщее славянское благоденствие, жертвенность в осуществлении высоких идеалов, сознательный труд и терпение.
Итак, Скобелев сумел сохранить привязанность к родной земле и потому изрядно волновался в ожидании протяжного гудка паровоза, известившего о скором свидании с Петербургом…
В 1861 году ему предстояло держать экзамены в Петербургский университет. Факультет он выбрал математический. Ровно год продолжались подготовительные занятия, ходом которых руководил профессор Л. Н. Модзалевский. В одном из писем читаем: «Сам я сдал с рук двоих учеников и с большим успехом, свидетелями которого были некоторые профессора и попечитель. Экзамен домашний производился у Скобелева с Адлербергом, в квартире молодого Адлерберга, сына министра. Успехами моего ученика остались довольны; на будущий год он будет держать экзамен в университет».
А. Ф. Кони, один из абитуриентов университета того же года, много позже так описывал Скобелева: «Вышел ко мне навстречу молодой стройный человек высокого роста с едва пробившейся пушистой бородкой, холодными глазами стального цвета и коротко остриженной головой. На нем, по моде того времени, были широчайшие серые брюки, длинный белый жилет и черный однобортный сюртук, а на шее, тоже по моде того времени, был повязан узенький черный галстук с вышитыми на концах цветочками. Манеры его были изысканно вежливы и обличали хорошее воспитание…» Они встретились во второй раз через двадцать лет – известный юрист и генерал-адъютант.
Но учеба в университете оказалась непродолжительной. Шел год провозглашения отмены крепостного права, год, всколыхнувший Россию студенческими волнениями. Нововведения значительно ослабили тугую удавку произвола и насилия, царивших в стенах учебных заведений России. Но дух консерватизма, когда научные познания отступали перед благонадежностью, в одночасье выветриться не мог, и студенты вышли на улицу с протестом. Студенческая среда была неоднородна, и одних митинговые страсти захватили целиком и полностью, другие с осуждением взирали на своих товарищей, с юношеской горячностью бросившихся в омут политической борьбы, третьи попросту ожидали, чем закончится противостояние с властями. Увы, закончилось оно печально для всех. Университет был закрыт. Возле дверей alma mater многих поколений русских студентов, поблескивавшей окнами пустынных аудиторий, появились жандармы.