По приезде в 1716 г. в Санкт-Петербург, Прокопович стал основным двигателем программы радикальной духовной реформы. Это проявилось с публикацией «Духовного регламента» или «Устава» (1721), сопровождающаяся учреждением Священного Синода в Санкт-Петербурге, где Прокопович был назначен Вице-президентом. Впредь, на всех церковных службах имя Патриарха было заменено упоминанием Священного Синода, вошедшего в новую систему государственных коллегий, представляющих новую правительственную иерархию. Эта духовная реформа шла рука об руку с образовательной реформой, как это было обрисовано в общих чертах в самом Регламенте, который провозглашал: «учение доброе и основательное есть всякои ползы, как отечества, так и церкве, аки корень и семя и основание».[56]
Прокопович был последовательным защитником всеобщего образования. Он не видел никакого противоречия между научными исследованиями и религиозной верой. Фактически, в «Регламенте» он активно поощряет духовное просвещение через науку. Прокопович играл активную роль в организации Санкт-Петербургской Академии наук, и с ее первых дней поддерживал ее ученых.[57] До прибытия в Санкт-Петербург, Прокопович был профессором в Киевской Академии, где в 1704 г. читал курсы богословия, риторики, поэтики и философии (которая включала в себя логику, естественную философию, математику и этику).[58] Сохранившиеся рукописи его лекций 1707–1709 гг., изданные в Киеве в 1979–1981 гг., показывают человека, который со знанием дела говорил и писал о последних достижениях во всех областях естественной философии, включая алхимию.[59]
Прокопович посвящает три страницы своей «Естественной Философии» предмету алхимии, ее истории и высказываясь положительно по поводу ее практики и целей. Во вводном параграфе описания алхимии Прокопович заявляет, что «нет необходимости возражать против факта, что искусство может обладать силой природы, и поэтому я считаю, что оно не может быть отделено от природы».[60] Он признает, что алхимики, несмотря на «большое постоянство и замечательное упорство» не получили, вплоть до сего дня, настоящее золота,[61] однако допускает, что неудача алхимиков в прошлом не отрицает возможности того, что они справятся со своей задачей в будущем.
В трактате «Естественная Философия» Ф. Прокопович показывает достойные эксперта знания в практической и теоретической областях процесса химического разделения элементов и подробно описывает их качества. Эта часть работы основывается в большой степени на исследованиях Даниэля Сеннерта (1572–1637). «Даниэль Сеннерт, – писал Прокопович, описывая ртуть, – называет её божественной жидкостью или духом, который с только большим усилием можно отделить от превосходной серы и очень редкой соли».