В 1421 году, 15 июня, скончался архиепископ Симеон. После него святительствовал два года игумен Клопского монастыря Феодосий, выбранный владыкой Новгородским, но не хиротонисанный, и затем в 1423 году избран был в архиепископы инок Воскресенского Деревяницкого монастыря Емелиан, нареченный при хиротонии Евфимием и прозванный Брадатым. Казначей архиерейского дома святой Евфимий отпросился в 1425 году на безмолвие в Хутынский Спасо-Преображенский монастырь, но был там недолго. Старцы Богородице-Рождественского монастыря, что на Лисичьей горе близ Новгорода, упросили святого Евфимия принять игуменство в их обители, где он проявил высокие способности иноческого руководительства: ко всем был снисходителен, со всеми обращался внимательно. В 1428 году последовала кончина архиепископа Евфимия Брадатого. Всеобщее желание было иметь архиепископом игумена Лисицкого Евфимия, имя его было написано в жребии, которые клались тогда на престол Святой Софии при избрании владык Новгородских. Не знали, что святой Евфимий от юности на это призван.
В 1429 году, 13 ноября, изволением Божиим и судом народным пал жребий на святого Евфимия, и он торжественно и радостно возведен был на сени, несмотря на его отказ по смирению и мнимому недостоинству. Долгое время святой Евфимий оставался не хиротонисанным; причиной тому было нестроение в Новгороде – одни склонялись к московским князьям, другие хотели владычества литовских королей, – а затем кончина митрополита всея Руси Фотия в 1431 году. Случилось в то время святому Евфимию быть в Троицкой Клопской обители, и здесь он услышал пророчество блаженного Михаила относительно обстоятельства своего посвящения в Смоленске. Святой Евфимий получил посвящение в Смоленске 26 мая 1434 года. Пробыв шесть с половиною недель в этом путешествии, с великою честью возвратился архиепископ Евфимий в Новгород. В соответствии своему великому сану он увеличил и свои иноческие подвиги, рассуждая в себе: «Емуже дано будет много, много и взыщется от него». Он старался принести сторичный плод, по Евангелию, ибо до принятия великого сана заботился об одной своей душе, а после о многих нужно было пещись, чтобы с дерзновением можно было сказать пред Богом: «Се аз и дети, яже ми дал еси». О многом помышляла еще любомудренная душа архиепископа, много смущений таилось в его сердце, но он во всем положился на Бога и с надеждой на Его сильную помощь совершал свой великий подвиг. После рукоположения архиепископ опять был в обители Клопской и благодарил блаженного Михаила, что по его молитвам получил хиротонию. Тогда Михаил посоветовал владыке Евфимию съездить в Москву и утолить гнев великого князя Василия Васильевича Темного. Архиепископ поехал в Москву в 1437 году, когда митрополитом там был присланный из Царьграда Исидор, печально ознаменовавший себя изменою Православию на Флорентийском соборе. В том же году, осенью, митрополит посетил Новгород и Псков и отнял у Новгородского владыки «суд, и печать, и земли, и все доходы» по Псковской стороне. Святитель Евфимий со смирением и кротостью перенес все это. Преемник Исидора святой митрополит Иона весьма уважал блаженного Евфимия и приходил к нему на помощь в тяжелые минуты. Так, когда князь Димитрий Шемяка захватил великокняжеский престол и нашел себе сочувствие в Новгороде, святой митрополит Иона в 1451 году писал архиепископу Евфимию: «Я знаю, сын и брат мой, что сам ты хорошо знаешь Священное Писание, но по долгу святительства благословляю тебя на то, чтобы ты наставлял и священникам наказывал учить духовных детей уклоняться от всякого худого дела». И не раз еще митрополит посылал грамоты архиепископу и увещательные послания новгородцам. В 1456 году святой Евфимий просил великого князя за преступных детей своих, и князь простил виновных.