Каждый год владыка Евфимий имел обыкновение проводить в своем любимом Вяжицком монастыре всю первую седмицу Великого поста. Не случилось этого только в 1458 году, в год блаженной кончины архиепископа. В последнее воскресенье перед Великим постом пришли к архиепископу посадники, бояре, игумены, священники и все множество народное дать обычное целование с прощением при наступлении Великого поста. Архиепископ, как чадолюбивый отец, всех прощал и милостиво учил, сколько можно, в чистоте проводить Великий пост, удаляться особенно пьянства, от которого происходит все зло. А когда наступил вечер, то, преподавши всем мир и благословение, архиепископ вышел из города и направился не в Вяжицкую обитель, а в монастырь Пречистой Богородицы на Лисичьей горе, откуда взят был на святительство. Придя в обитель, святитель разболелся, но всю седмицу постился и ходил на соборное пение. Все видели его телесные страдания, но ничего скорбного не было на лице у него: оно светилось радостью человека, как будто возвратившегося в свое отечество из дальних чужих стран, он радовался, что дух его разрешается от телесных уз. Перед кончиной своей он преподал всем благословение и прощение, сам испросил у всех прощение, причастился Святых Пречистых Таин, воздал хвалу Богу за все, тихо и мирно предал Господу честную и святую душу свою в 11-й день месяца марта в нощи. При кончине распространилось благоухание от тела архиепископа, а при помазании тела его найдены на нем тяжелые вериги («подобно схиме»), которых никто не видал на нем при жизни его.
Быстро распространилась весть о кончине любимого святителя. Многое множество народа и духовенства, подобно быстротечному потоку, устремилось по всем путям к обители на Лисичьей горе. Плач и скорбь были великие. С любовью, славой и честью перенесли тело архиепископа в собор святой Софии Премудрости Божией и там отпели его, а затем, согласно его завещанию, отнесли для погребения в Вяжицкий монастырь. Найденные на теле святителя вериги были повешены около гроба; «от них многие различные исцеления по молитвам святого бывают, – говорит древний жизнеописатель святителя Евфимия, – особенно страждущих студеною болезнию».
Находясь в предсмертной болезни и желая получить от митрополита Ионы последнее прощение всех своих согрешений и благословение в сей век и будущий, архиепископ Евфимий незадолго до своей кончины послал к митрополиту своего слугу с умилительным посланием и известием о своей тяжкой болезни. Митрополит сердечно отнесся к болезни святителя и послал ему разрешительную грамоту с священноиноком Евмением. Был уже шестнадцатый день со времени кончины архиепископа, когда прибыл инок Евмений. Открыли гроб святителя. Тело блаженного отца было светло, цело и не подверглось тлению. Как спящий, лежал он во гробе, «показуя душевную чистоту свою». Дивились все видимому чуду, а инок Евмений воскликнул: «Я уразумел воистину, что Бог сохраняет Великий Новгород и это святое место молитвами сего святителя».