Тело преподобного Евфросина было с честью предано земле в 28-й день марта. На погребение собралось все окрестное население, почитавшее добродетельную жизнь святого. В тот же день похоронили инока Иону и прочих, кто погиб от меча поляков.
Спустя 34 года по кончине преподобного в его обители был построен строителем Моисеем новый храм во имя Пресвятой Троицы и колокольня с переходами. В 1655 году, 25 марта, на 44-м году после кончины, мощи святого Евфросина по благословению Макария, митрополита Новгородского, были перенесены строителем Ионой под колокольню и положены в восточном углу правой стороны.
В 1904 году Новгородскому архиепископу Гурию был представлен журнал окружного съезда того же года, в котором просили разрешить духовенству служение молебнов и литургий в память преподобномученика Евфросина Синозерского, чтобы удовлетворить настойчивое желание почитателей преподобного, стекающихся к его гробу даже из других епархий, тогда же просили ознаменовать это событие особым торжеством с крестными ходами из церквей. В 1911 году окружной съезд духовенства возобновил свое ходатайство перед архиепископом Арсением, который и вошел с соответствующим представлением в Святейший Синод. С разрешения последнего, на 29 июня в погосте Синозерская пустынь, Новгородской губернии, Устюженского уезда, назначено восстановление церковного почитания преподобномученика Евфросина Синозерского.
Тропарь, глас 1
От юности вперив ум свой ко Богу, блаженне Евфросине, и бегая суеты мира сего, достигл еси в пустыню непроходимую, идеже, Богу тя укрепляющу, ангельское житие стяжав. Поработал еси довольно Владыце своему Христу в пощении и в молитвах и во всеношных бдениях, и сподобился еси дара Духа Пресвятаго еже прорицати будущая, наставляя на стезю покаяния притекающих к тебе и послушающих тя. Темже всеблагий Бог, видя великую твою к себе веру, нелицемерную любовь и несумненную надежду, дарова тебе не точию еже веровати в Него, но и еже страдати по Нем, егда от противных сынов, в той же пустыни кровь твоя нещадно излияся. И доселе яко же Авелева вопиет Богу, свидетельствующу о сем нетлением мощей твоих. На ня же взирающе, умильно вопием: слава Христу, даровавшему тебе благодать толику, Его же и моли о нас.
Ин тропарь, глас 4
От юности твоея вперив ум свой к Богу, блаженне Евфросине, отвержением мира, и вселился еси в непроходимую пустыню. В ней же постнически укреплением Божиим в молитвах и в пощениих доблественне, яко же достоит, пожил, и жизнь свою страдальчески неповинне убиением от сопротивных сынов скончал. Сего ради со преподобными и со мученики венчался еси, с ними же и предстоя престолу Пресвятыя Троицы, Юже моли, молим тя, оставление подати согрешениям нашим и даровати нам велию милость.