Когда надзор за преподобным был ослаблен, он, сидя в тюрьме, усердно занялся составлением памятной записки (мемориала), которая и подана была от его имени королю Владиславу 29 июня 1645 года во время заседания генерального сейма. В записке своей преподобный доказывает: Русь с самого принятия христианства стояла в церковной зависимости от Константинопольского патриарха, а униаты, «отбегшие пастыря своего законного» и отдавшиеся другому, не настоящему (папе), подлежат анафеме, как отступники от веры; самая уния принята была духовными по корыстным побуждениям: например, епископ Игнатий Поцей, один из ее защитников, добивался сенаторского кресла; митрополит Рагоза и епископ Кирилл Терлецкий склонялись к унии, привлекаемые вольностями, которые им обещаны от лица папы. «От того часу, – говорит святой Афанасий, – как Каин Авеля и Измаил Исаака, так проклятый униат бил и преследовал православного брата своего и по сие время, с помощью прислужников и врагов правды святой, при попущении Божием, как хочет, так и злодействует: бедных людей всякого сословия, как в братствах церковных, так и во всяких советах, судебных и ремесленных, клевеща безбожно, грабит и дерет со всего, что имеют православные христиане – с веры святой, с совести чистой, с славы доброй, с имущества, всячески поносит их и бьет; кроме того – и это хуже всего – печатает, отбирает, повергает в нищенство и уничтожает церкви, мешает свободе благочестивой совести. Во многих и разных местах в королевстве христианском ради той проклятой унии и по сие время совершаются ненужные кровопролития. В конце концов и с казаками из-за той же унии была внутренняя бесполезная война; из-за нее милость исчезла чуть не во всех; из-за нее ласкательство, подхалимство, зависть, предательства, злодейства и – хуже всего – размножается проклятая вражда; из-за нее погиб порядок духовный и светский». Святой Афанасий обращается к королю с мольбою отменить унию, введенную королевской властью: духовные отцы (епископы) уже не могут улучшить положения, так как сами нуждаются в исправлении. При вступлении на престол король присягою скрепил обещание умирить Православную Церковь, а между тем этого не сделано и доселе. Не нужно насилия ни над чьей совестью: пусть униаты остаются, если хотят, при своих заблуждениях, но и пусть православные будут свободны в своей вере.