Это событие произошло незадолго до кончины святителя. Предчувствуя ее, он отложил святительский омофор и принял схиму с именем Иоанн, которое носил в юности. Преемником себе он назначил своего брата, святителя Григория. Скончался святитель Иоанн 7 сентября 1186 года и был положен в притворе Софийской церкви.
В 1439 году усердием святителя Евфимия совершались Починки в Софийском соборе; в притворе придела храма святого Иоанна Предтечи вдруг оторвался камень и сильно ударил в крышку стоявшей тут гробницы. Святитель Евфимий велел поднять пробитую камнем доску, и храм исполнился благоуханием. В гробу увидели нетленные мощи святителя, но никто не мог сказать, кто этот архипастырь. В своей келлии святитель Евфимий стал усердно молить Бога открыть ему имя угодника. Ночью явился перед ним муж, облеченный в святительские одежды, и сказал, что он архиепископ Иоанн, удостоившийся послужить чуду Пресвятой Богородицы, честному Ее знамению. «Возвещаю тебе волю Божию, – продолжал святитель, – совершать память о лежащих здесь архиепископах и князьях 4 октября, я же буду молиться Христу за всех христиан». Память его празднуется также с Собором Новгородских святителей 10 февраля; в 1630 году установлено празднование еще на 1 декабря.
Тропарь, глас 8
Днесь светло красуется славнейший великий Новград, имея мощи твоя в себе, святителю Иоанне, яко солнечные лучи испущающия и подающия исцеления притекающим с верою к тебе. Молися Христу Богу избавити град сей невредим от варварскаго пленения, и междоусобныя брани, и огненнаго запаления, святителю богомудре и чудоносче, небесный человече и земный Ангеле: да сошедшеся любовию в память твою, светло празднуем, в песнех и пениих радующеся, и Христа славяще, тебе таковую благодать даровавшего исцелений, великому Нову граду заступление и утверждение.
Ин тропарь, глас 4
Господи Боже наш, творяй присно с нами по Твоему смотрению, не отстави милости Твоея от нас, но молитвами святителя Твоего Иоанна в мире устрой живот наш.
Кондак, глас 4
Возвеселися явленно Честная Церковь Христова, в память днесь приснословущаго святителя Иоанна, от великаго Нова града возсиявшаго, и всю страну удивившаго преславными чудодеянии, и всеми добродетельми украсившагося. И по преставлении бо честное тело его обретеся нетленно, источающее велия чудеса. Темже зовем ему: о всеблаженне! Моли Христа Бога непрестанно о всех нас.