Петербург угнетал Ухтомского, – и не только климатом, но нарочитой ориентацией на Западную Европу, духом скепсиса и аморальностью, прагматизмом и бессердечием «каннибальской общественности». Ухтомский прямо заявлял: «Иногда кажется, что продал я духовное старешенство за питерскую жизнь, как Исав за чечевичную похлебку…»
В 1896 году в статье «Психология русского раскола» В. В. Розанов писал: «Есть две России: одна – Россия видимостей, громада внешних форм с правильными очертаниями, ласкающими глаз, с событиями, определенно начавшимися, определительно оканчивающимися, – „империя“, историю которой „изображал“ Карамзин, „разрабатывал“ Соловьев, законы которой кодифицировал Сперанский. И есть другая – „Святая Русь“, „матушка Русь“, которой законов никто не знает, с неясными формами, неопределенными течениями, конец которых не предвидим, начало безвестно: Россия существенностей, живой крови, непочатой веры, где каждый факт держится не искусственным сцеплением с другим, но силою собственного бытия, в него вложенного. На эту потаенную, прикрытую первою, Русь – взглянули Буслаев, Тихонравов и еще ряд людей, имена которых не имеют никакой „знаменитости“, но которые все обладали даром внутреннего глубокого знания». К последним, богато наделенный от природы даром внутреннего глубокого знания, принадлежал и старообрядец князь Ухтомский.
Пространство всемирной истории четко просматривалось. Ухтомский словно парил над временными и географическими барьерами, и российскую катастрофу воспринял как следствие законов, диктуемых грешному человечеству неподвластной ему Волей. Он судил современность высшим судом, неизбежным «перед концом истории», наблюдая воочию «намекательное стечение признаков», предвещающих гибель и христианской культуры, и европейской цивилизации.
Неудивительно, что Ухтомского дважды арестовывали: 17 ноября 1920 года в Рыбинске безо всяких на то причин и в мае 1923 года в связи с закрытием Никольской церкви в Петрограде.
Тем не менее, в 1922 году Ухтомский с кончиной Н. Е. Введенского принял кафедру физиологии под свое начало и после десятилетних проверок обнародовал наконец свой закон доминанты, что стало, безусловно, звездным часом в его научной биографии.
1920-е годы меняли декорации, государство судорожно перестраивалось под нажимом диктаторских лозунгов, – а жизнь Ухтомского текла своей колеей. Он верой и правдой служил университету, читал общие и специальные курсы на биофаке, завоевав репутацию всеми любимого профессора.