Однако стены монастыря в миру не смогли защитить монахов ХХ века от произвола тоталитарного режима, чьим главным оружием было устрашение. Они оказались участниками «дела», сфабрикованного ОГПУ. Преданность православной вере обернулась обвинением «в антисоветской агитации и пропаганде», участие в кружках имяславцев превратилось в «деятельность во Всесоюзной контрреволюционной монархической организации церковников „Истинно православная церковь“».
Два с половиной года провел Алексей Фёдорович в заключении, чуть меньше – Валентина Михайловна. Об этом периоде его жизни известно из отправленных жене лагерных писем. Он сполна испытал муки богооставленнности и в камере-одиночке внутренней тюрьмы Лубянки, и в переполненной палатке 2-го отделения Свирлага: «…такое отсутствие радости, ласки, молитвы, такая оставленность и безблагодатность…» «…Не есть ли это ликующая победа злых сил над нами, а вовсе не какой-то особый „промысел Божий“?..» «Я лишен благодати уже давным-давно, и нет надежды на её возвращение…» Будучи с детских лет приобщённым к церковной жизни, заключённый Лосев оказывается полностью отлучённым от неё: «…Но позвольте, что же это за религия – без таинств, без обряда, без наставления, без постов, без всякого элементарного указания на внешнее присутствие религии?..» Ему, глубоко верующему человеку, трудно, тем не менее, смириться с посланным Богом испытанием: «…Бог требует отдать всякое, хотя бы простейшее понимание происходящего, и волей-неволей приходится его отдавать, ибо Христос выше и дороже понимания жизни и самóй науки. Но, Боже мой, как всё это безрадостно! Как ты, Господи, отнял у меня ласку жизни, как лишил радости подвига и утешения в молитве! Как презрел всю мою многолетнюю службу Тебе в разуме и поклонении святыя славы…» И всё же, несмотря на поражение ревматизмом после работы с мокрыми баграми пальцев, на усилившуюся в лагере болезнь глаз, которая позже приведёт к полной слепоте, на бессмыслицу лагерной жизни, он находит в себе силы написать: «…Знаю и то, что страдания мои нужны миру и мировой истории, …что всё это осмысленно и что я должен быть послушным и смиренным…»
И наконец: «…Благословляю жизнь, благословляю все свои страдания, и – благодарю за всё!.. Думаю, что во благо, и что всё кончится великим, лучезарным концом…»