Весной 1931 года благочинный предложил духовенству следовать формуле поминовения властей, введенной Временным Патриаршим Священным Синодом при Заместителе Патриаршего Местоблюстителя митрополите Сергии (Страгородском), и определить свое отношение к июльской Декларации 1927 года. В случае несогласия предлагалось уволиться на покой, чтобы не попасть под запрещение в священнослужении. Отец Владимир принял решение выйти за штат. В сентябре 1931 года он поступил на гражданскую службу в Научно-исследовательский институт птицеводства заведующим группой измерительных процессов.
5 апреля 1932 года отец Владимир был арестован органами ОГПУ как «активный участник Всесоюзной контрреволюционно-монархической организации “Истинно Православная Церковь”». На допросе у следователя он сказал: «Как верующий человек я, естественно, не могу разделять политику советской власти по религиозному вопросу. В Институт птицеводства я поступил 8 сентября 1931 года, дал несколько изобретений – приборов по птицеводству. О том, что я лишен избирательных прав и был священником, в институте не знали. Фамилии своих знакомых предпочитаю не называть, дабы не навлечь на них неприятностей… Ведя организованную работу среди молодежи, я ставил перед собой задачу удовлетворения их личных запросов в духе христианского понимания жизни… Повторяю, что назвать персонально этих людей я отказываюсь по моральным и религиозным причинам…»
Особым Совещанием при Коллегии ОГПУ СССР 7 июля 1932 года он был приговорен к ссылке в Северный край сроком на три года, но затем вышло постановление приговор считать условным и обвиняемого «изпод стражи освободить». Об освобождении отца Владимира ходатайствовало руководство Академии наук, где он в то время работал.
В 1933 году повсеместно проводилась паспортизация, и отцу Владимиру для получения паспорта пришлось уехать на год в город Россошь и там жить и работать. В 1934-м он возвратился в Москву и устроился на работу в Институт климатологии в поселке Кучино. В Кучине отец Владимир снял две комнаты и переехал туда вместе с детьми и Марией Алексеевной; в 1935 году представилась возможность переехать в Никольское – ближе к Москве. Живя в Никольском, семья отца Владимира посещала храм в честь Почаевской иконы Божией Матери у станции Салтыковка; в этом храме отец Владимир обычно молился в алтаре. В 1930-е годы он продолжал руководить своими духовными детьми, совершая богослужения в домах тех, кто был наиболее близок ему.