В декабре 1929 года один из лжесвидетелей показал:
– Священник Иван Николаевич Державин выступал с проповедями, в которых говорил, что советская власть – власть безбожная, религию насилует, надо с безбожниками вести борьбу, несмотря на все невзгоды. За это получите награду. Придет время и не будет такого насилия над верой. Проповедей Державин не говорит около полугода, а число, когда он говорил, не помню, но он мне лично говорил, что теперь проповеди говорить нельзя, за это посадят, нам нужно потихоньку вести работу среди крестьян, это принесет больше пользы.
– Говорил ли с вами Державин или с кем-либо другим против власти? – спросил следователь.
– Я точно не помню. В разговоре со мной он сказал, что советская власть задавила налогами. Религию угнетает. Всех задавила непосильными налогами, фабрикантов обобрали, купцов тоже, теперь возьмутся за крестьян. Власть духовенство давит, меня лично гонят из дома. Дожили при этой власти до того, что ничего нет. Это Бог наказывает за наше безбожие.
Другой лжесвидетель сказал, что священник систематически выступал с проповедями, в которых призывал бороться за укрепление религии; указывал, что теперь детей при советской власти в школах Закону Божию не учат и надо их учить дома. Призывал граждан помочь Церкви, собрать деньги среди верующих. Спасибо тем гражданам, которые еще не забыли Бога и посещают храм, им Бог за это поможет. У нас стало много безбожников, забыли Бога, жить стало худо, храм разваливается, ничего не стало. Бог нас за это накажет.
Опираясь на эти показания, ОГПУ 3 февраля 1930 года арестовало священника, и он был заключен в Бутырскую тюрьму в Москве. На следующий день, отвечая на вопросы следователя, отец Иоанн сказал: «Никакой антисоветской агитации нигде и никогда я не вел. Проповеди я не произношу уже около года. Ранее произносил проповеди часто, но они носили исключительно религиозный характер, и ничего противосоветского в них не было. В частных разговорах от бесед на политические темы воздерживаюсь. С прихожанами имею общение только по чисто церковным делам».
На этом дело было закончено. 22 марта 1930 года «тройка» ОГПУ приговорила священника к трем годам ссылки в Северный край и дана была рекомендация на все ходатайства о смягчении его участи отвечать отказом.